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  • 【期刊】 蒙古马小RNA高通量测序分析

    刊名:农业生物技术学报 作者:萨如拉 ; 白东义 ; 陶克涛 ; 赵一萍 ; 任秀娟 ; 阿娜尔 ; 鲍红梅 ; 黄金龙 ; 芒来 关键词:高通量测序 ; 蒙古马 ; 靶基因预测 年份:2017
    摘要:miRNA(microRNA)是重要的转录后调控因子,在很多物种中己获得鉴定,然而对马(Equus caballus)的miRNA相关研究较少.本研究应用Solexa测序技术对蒙古马的8个组织混合样小RNA进行测序并做了相关的生物信息学分析.结果得到5 199 802个小RNA纯净序列(clean reads),经过长度分布统计和分类注释后,将其与miRBase数据库比对鉴定马的239个保守miRNA.同时,用Mireap软件预测出510个miRNAs,其中238个miRNAs能与马已知miRNA匹配,272个miRNA没能匹配.使用miRanda软件对预测出的所有miRNA进行靶基因预测,获得23 037个靶基因和1 974 153个靶位点.本研究结果丰富了马miRNA数据资源,为进一步研究miRNA在马生物学功能研究工作提供了理论依据.
  • 【期刊】 高通量测序技术的研究进展

    刊名:中国医学工程 作者:李妍 ; 徐兴祥 关键词:高通量测序技术 ; 454焦磷酸测序 ; Solexa测序 ; SOLiD测序 ; DNA测序 ; RNA测序 机构:大连医科大学研究生院 ; 大连医科大学研究生院 ; 江苏省苏北人民医院呼吸科 年份:2019
    摘要:高通量测序技术又称二代测序技术(NGS),与被认为是第一代测序技术的传统Sanger毛细管电泳测序方法相比,二代测序技术以更低的成本提供更高通量的数据,并实现大规模的基因组研究,单次运行数据量大,可以同时对数百万个DNA分子实施测序。随着当代科学技术的进步,二代测序平台已逐渐被引入包括肿瘤学在内的众多领域中,如临床诊断,农业基因组学和法医学等。尽管NGS目前已广泛用于目的性研究,但由于该方法的新颖性,在临床实践中的应用尚未完全指南式化,大多数临床医生对NGS认知及解读能力参差不齐。该文就NGS方法、原理及其优劣性进行综述,旨在帮助临床医生利用NGS技术对疾病进行更全方位的诊疗提供参考。
  • 【期刊】 小RNA高通量测序数据分析方法

    刊名:生命科学仪器 作者:彭骅 ; 李佛生 ; 王胜华 关键词:小RNA(small RNAs) ; 非编码RNA(nc RNAs) ; 微小RNA(micro RNAs,mi RNAs)内源小干扰RNA(endo-si RNAs) ; 小RNA高通量测序(small RNA-Seq) 机构:四川大学生命科学学院 ; 四川大学生命科学学院 ; 中国科学院遗传与发育生物学研究所 年份:2017
    摘要:本文应用Perl语言和My SQL数据库构建了小RNA高通量测序数据分析平台,以4个水稻数据集为分析对象,详细介绍了小RNA高通量测序数据的处理方法和流程。我们以MSU 6.1水稻基因组为参考,构建了该版本的全基因组结构及已知nc RNAs位点信息数据库,结合Perl脚本可以实现小RNA在基因组上的详细定位与统计,同时我们从数据库中提取已知pre-mi RNAs表达特征,设计了一个新的mi RNAs挖掘方法,该方法可以筛选出大量的新mi RNAs,其中已知mi RNAs命中率可以达到98%。针对水稻小RNA种类的多样性,我们对mi RNAs和endo-si RNAs的鉴别也给予了探讨和说明。本文设计的高通量测序数据分析平台,方法简单高效,以数据库作为存储和查询媒介,能够实现多位点reads的分析,可以得到灵活多样的数据统计结果。依照本文的方法同样可以构建其他模式物种的小RNA数据分析平台,在高通量测序逐渐普及的将来,本文的方法对中小实验室建立自己的数据分析平台具有实践指导意义。
  • 【期刊】 高通量测序序列比对研究综述

    刊名:生命科学研究 作者:高静 ; 焦雅 ; 张文广 关键词:高通量测序 ; 序列比对 ; 序列作图 ; 序列比对工具 机构:内蒙古农业大学计算机与信息工程学院 ; 内蒙古农业大学计算机与信息工程学院 ; 内蒙古农业大学动物科学学院 年份:2014
    摘要:高通量测序技术的飞速发展,给生物信息学带来了新的机遇和挑战,第二代测序序列数量多、长度短使得原来的序列分析手段不再适用。近几年来,针对高通量测序的序列分析算法和软件日益增多,目前已有上百种,导致选择合适的软件成为一个难题。对第二代测序的测序类型、序列类型以及分析算法进行了总结和归纳,对现今常用的分析软件的序列的类型、长度以及软件应用算法、输入/输出格式、特点和功能等方面做了详细分析和比较并给出建议。分析了现今测序技术和序列分析存在的问题,预测了今后的发展方向。
  • 【期刊】 线粒体基因组的高通量测序策略

    刊名:生命科学 作者:杨婧 ; 黄原 关键词:高通量测序 ; 线粒体基因组 ; mt DNA富集 ; 组装 机构:陕西师范大学生命科学学院 ; 陕西师范大学生命科学学院 年份:2016
    摘要:综述了高通量测序技术在线粒体全基因组测序中的策略,利用该技术对线粒体全基因组进行序列测定的方法可以归纳为两种,一种是先对目标mt DNA进行富集,包括mt DNA的提取纯化,目标区域PCR扩增法以及特异性探针杂交富集法(可分为基于微阵列和基于PCR探针的杂交富集法),然后对富集出的线粒体DNA进行高通量测序;另一种是先从待测样本的基因组高通量数据中挖掘出线粒体基因组序列信息,之后利用诱饵序列或者近缘物种的线粒体全基因组参考序列,使用软件MITObim对其进行组装。此外,还给出了线粒体高通量测序的优化流程图和介绍了混合样品的线粒体高通量测序策略。
  • 【期刊】 高通量测序在分子诊断中的应用

    刊名:锦州医科大学学报 作者:李婕 ; 张鹏 ; 李小宁 关键词:高通量测序 ; 分子诊断 机构:皖南医学院第一附属医院弋矶山医院检验科 ; 皖南医学院第一附属医院弋矶山医院检验科 年份:2018
    摘要:遗传信息分子测序技术是现代生命科学研究中最重要的方法,也是精准医学的基石。在临床上,通过DNA或RNA分子测序技术,研究者能够迅速把握染色体上所涵盖的信息,为疾病的诊断、治疗、预后以及患者的健康管理提供参考,使得医学技术迈向新的台阶。随着科技和科研水平的迅猛发展,高通量测序(next generation sequencing,NGS)技术在临床检验上得到了大力推动。本文即对高通量测序技术在分子诊断中的应用以及研究进展方面作一综述。
  • 【期刊】 果树高通量测序的最新研究进展

    刊名:基因组学与应用生物学 作者:王云生 ; 聂飞 ; 林顺权 关键词:高通量测序 ; 果树 ; 生物信息学 ; 基因组 ; 转录组 机构:凯里学院环境与生命科学学院 ; 凯里学院环境与生命科学学院 ; 贵州省生物研究所 ; 华南农业大学园艺学院 年份:2015
    摘要:本文综述了果树高通量测序的最新研究成果。重点介绍了全基因组测序、重测序研究所揭示的果树基因组、基因家族进化、可可荚色基因挖掘和柑橘、桃驯化起源等重要科学问题,以及转录组测序研究所揭示的果树园艺性状、组织分化、果实不同发育阶段、响应人工栽培、采后措施和逆境等的分子机理。同时也讨论了果树高通量测序究领域存在的挑战和机遇。
  • 【期刊】 高通量测序技术及其应用

    刊名:中国生物工程杂志 作者:王兴春 ; 杨致荣 ; 王敏 ; 李玮 ; 李生才 关键词:高通量测序 ; 深度测序 ; 下一代测序 ; 基因组测序 ; 转录组测序 机构:山西农业大学生命科学学院 ; 山西农业大学生命科学学院 ; 山西农业大学农学院 ; 山西农业大学文理学院 年份:2012
    摘要:高通量测序技术是DNA测序发展历程的一个里程碑,它为现代生命科学研究提供了前所未有的机遇。详细介绍了以454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术,以HeliScopeTIRM和Pacific Biosciences SMRT为代表的单分子测序技术,以及最近Life Science公司推出的Ion Personal Genome Machine(PGM)测序技术等高通量测序技术的最新进展。在此基础上,阐述了高通量测序技术在基因组测序、转录组测序、基因表达调控、转录因子结合位点的检测以及甲基化等研究领域的应用。最后,讨论了高通量测序技术在成本和后续数据分析等方面存在的问题及其未来的发展前景。
  • 【期刊】 孕早期流产物的高通量测序研究

    刊名:山西医科大学学报 作者:乞艳华 ; 余珊珊 ; 李小鹏 ; 麻妙艳 ; 邬晋芳 ; 周琦 ; 雷小莹 关键词:高通量测序技术 ; 染色体核型分析 ; 流产 机构:西安交通大学第二附属医院超声科 ; 西安交通大学第二附属医院超声科 ; 西安交通大学第二附属医院妇产科 年份:2017
    摘要:目的探讨高通量测序技术在孕早期流产物检测中的应用价值。方法收集2014-02~2016-10在西安交通大学第二附属医院就诊的胚胎停止发育孕妇45例。取流产物组织,进行高通量测序及染色体核型分析。结果共收集到有效样本44例,高通量测序11例(25.00%)在检测范围内未检出已知致病性染色体畸变;19例(43.18%)染色体数目异常或嵌合体;14例(31.82%)染色体部分片段拷贝缺失或呈多态性。核型分析12例(27.27%)染色体数目异常或嵌合体。结论高通量测序技术对流产物的检出阳性率高于核型分析,尤其在染色体微缺失和微重复检出上有明显优势,可用于临床上不明原因流产的病因学检查。
  • 【期刊】 中国桑属15个种RAD—seq高通量测序

    刊名:蚕学通讯 作者:陈祥平[1] ; 吕银[1] ; 刘玲[1] ; 柯皓天[1] ; 刘凯旋[1] ; 王茜龄[2] ; 任艳红[2] ; 陈仁芳[2] 关键词:中国桑属 RAD-seq SNP标记 系统发育 机构:四川省丝绸科学研究院 ; 四川省丝绸科学研究院 年份:2016
    摘要:利用RAD-seq对中国桑属15个种进行了高通量测序,总共得到36.72Gbcleandata,总Tags数2788927(reads),平均每个种原始数据都在10M以上,Tags都在20万条以上,质量值Q30都在90%以上。用Stacks软件对15个种进行比对,获得68904个SNPs位点。用最大似然法建树,分支图首先将白桑、广东桑分出,接着是山桑、鲁桑、瑞穗桑,再次分出的是鸡桑、细齿桑、蒙桑和鬼桑,最后分出的是黑桑、川桑、华桑、滇桑、长穗桑、奶桑。分支图能将栽培种和野生种完全分开;可以将蒙桑和鬼桑、鸡桑、华桑、川桑、奶桑分开。认为白桑、广东桑属原始类型,长穗桑、奶桑属进化类型;山桑、鲁桑、瑞穗桑这三个种被分在一个分支,自检支持率99%,黑桑、川桑这两个种被分在一个分支,自检支持率56%,长穗桑、奶桑这两个种被分在一个分支,自检支持率100%,说明这些种之间有较近的亲缘关系,桑属RAD-seq测序能大规模筛查sNPs位点,系统发育分析的准确性就更加可靠。
  • 【期刊】 PCR产物的高通量测序方法及优化

    刊名:食品与生物技术学报 作者:李桂澜 ; 胥传来 关键词:高通量测序技术 ; 样品文库制备 ; 上机测序 机构:北京大学生命科学学院 ; 北京大学生命科学学院 ; 食品科学与技术国家重点实验室 ; 江南大学 年份:2016
    摘要:PCR产物的高通量测序被广泛应用于功能基因筛选、肿瘤相关基因的突变和甲基化检测等.在高通量测序技术中,建库和上机测序实验一直是决定最终DNA数据质量的关键.作者优化了PCR产物样品的DNA文库制备条件和体系,设计了适合PCR产物特点上机测序方法,将已建库的PCR样品中混入一定量的基因组标准品后再上机测序,由此保证了测序数据的高质量和低冗余度.为低多样性DNA样品高通量测序技术方法运用提供方法上的参考.
  • 【期刊】 浅析高通量测序过程质量监督管理

    刊名:科技创业月刊 作者:严小庆 关键词:高通量测序 ; 质量控制 ; 质量监督 ; 质量风险 机构:武汉华大医学检验所有限公司 ; 武汉华大医学检验所有限公司 年份:2017
    摘要:近年来随着高通量测序技术的不断发展和检测成本的持续下降,高通量测序也已经发展成为重要的临床基因分析技术.因此,对专业的技术人才、临床专家和信息分析人员的综合素质要求较高,同时也对实验室硬件设施及管理水平要求也提出了更高要求.为了保证检测结果的准确性,应建立测序全过程的质量控制体系,同时实施质量监督管理,及时识别检测过程中的质量风险.