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  • 【期刊】 革兰阴性菌分泌系统及其分泌产物研究进展

    刊名:动物医学进展 作者:郭延芝 ; 余乐正 ; 柳凤娟 ; 鄢南南 ; 程旭 ; 李益洲 关键词:革兰阴性菌 ; 分泌系统 ; 分泌蛋白 ; 分泌信号 机构:贵州师范学院化学与生命科学学院 ; 贵州师范学院化学与生命科学学院 ; 四川大学化学学院 年份:2017
    摘要:蛋白质分泌在细菌生命活动中发挥着重要作用。通过各种各样的分泌系统,革兰阴性菌可分泌出大量蛋白质,以协调细菌与周围环境及其他细菌间的相互作用。由于细菌毒力的发挥离不开这些蛋白质,故它们在疾病发病机理及抗菌药物开发等研究中扮演着重要角色。论文围绕不同类型的革兰阴性菌分泌系统及其分泌产物的结构、功能等进行综述,旨在为革兰阴性菌致病机理研究和相关病害防控提供参考。
  • 【期刊】 复杂网络分析激酶底物信号传递机制

    刊名:四川大学学报(自然科学版) 作者:郭延芝 ; 米刚 ; 刘雯 ; 李梦龙 ; 杨毅 关键词:磷酸化 ; 蛋白质相互作用 ; 复杂网络 ; 社区结构 ; 信号途径 机构:四川大学生命科学学院 ; 四川大学生命科学学院 ; 四川大学化学学院 年份:2013
    摘要:为了研究信号从激酶到达底物蛋白质后的传递机制,本文将磷酸化和蛋白质相互作用结合构建网络,利用复杂网络理论对该网络进行分析.结果发现,底物中存在的社区结构不会只传递特定激酶组的信号,影响网络稳定性的关键节点大多参与肿瘤发生相关的信号途径.
  • 【会议】 利用网络模型研究GPCR二聚体的结构和动力学性质(英文)

    作者:郭延芝 ; 江源远 ; 张熙 ; 李梦龙 ; 蒲雪梅 关键词:GPCR£»dimer£»Elastic Network Model£»Protein Structure Network 机构:四川大学化学学院 ; 四川大学化学学院 年份:2016
    摘要:GPCR plays a key role in signal transduction between intracellular and extracellular and has been important drug target.Recently,many experimental studies found that GPCRs can form the dimer or oligomer,which are another potential functional units besides their monomers.However,there have been absent of knowledge about structures,dynamics and functions of GPCR dimers.Thus,we,herein,we used the Elastic Network Model(ENM)and Protein Structure Network(PSN)to study the three GPCR dimers(viz.,CXCR4,κ-opioid R,β1AR)with different interfaces according to their basic topologic structures.The low-frequency modes from ENM indicate that the three GPCR monomers commonly present an antisymmetric rotation between extracelluar and intracellar motifs while their dimers exhibit an asymmetrical fluctuation between the two protomers,which should contribute to the negative cooperation between the two protomers and the asymmetric activation of GPCR dimers reported by experiments.PSN reveal that the dimerization can reduce informational flows characterized by the communication pathways between intracellular and extracellular,resulted from weakening restricts between TMs.The comparison between the monomer and protomer of the dimer shows that the TM1-TM2-H8 interface play more significant role in influencing the dynamics of the promoter with respect to TM5-TM6 one.Consequently,the most significant effect of the dimerization is observed forκ-opioid with TM1-TM2-H8 interface.B1AR also exhibits more difference between its monomer and dimer than CXCR4 due to larger contact areas in the interface ofβ1AR,although they have same TM4-TM5 interfaces.These observations from the work could provide valuable information for understanding the structure and function of GPCR dimers.
  • 【期刊】 平性药有效成分与药性相关性研究

    刊名:化学研究与应用 作者:郭延芝 ; 张亚超 ; 李梦龙 ; 文志宁 ; 高楠莎 ; 覃洁萍 ; 邓家刚 关键词:平性药 ; 有效成分 ; 药性 ; 模式识别 机构:四川大学化学学院 ; 四川大学化学学院 ; 广西中医学院 年份:2010
    摘要:本文精选了50味平性药及50味对照非平性药作为研究对象;从各味药的有效成分入手,利用其所含有的特定的骨架及官能团信息直观地进行了数字化表征;采用模式识别中的支持向量机方法进行了分类研究,挑选最优特征时,总正确率最高可以达到73%,表明了中药的有效成分与其药性之间确实存在一定的相关关系。并且通过对识别率的比较发现,平性药药性的不显著本质上可能是由于其本身所含有效成分更高的分子多样性。本文对探索平性药药性的物质基础具有一定的指导作用。
  • 【期刊】 药物-靶标网络的节点角色表征

    刊名:分析化学 作者:郭延芝 ; 方亚平 ; 文志宁 ; 李梦龙 ; 刁元波 关键词:药物研发 ; 表征方法 ; 网络化 ; 节点角 ; 靶标 ; 系统生物学 ; 生物信息学 ; 信息构建 机构:四川大学化学学院 ; 四川大学化学学院 年份:2009
    摘要:基于系统生物学的方法对药物及其蛋白质靶标进行网络化的系统研究将有助于我们从生物信息学的角度来理解药物研发的现况。通过现有的FDA批准的药物及其靶标相关联的信息构建药物一靶标网络,对网络进行拓扑表征并分析其性质,同时定义一个新的指标来表征不同节点在网络中的重要程度,提供了一种基于角色的网络表征方法。实验大致可以分为以下3步:
  • 【期刊】 基于三元分类的分泌蛋白预测

    刊名:分析化学 作者:郭延芝 ; 余乐正 ; 张政 ; 李梦龙 关键词:分泌蛋白 ; 疾病 ; 诊断方法 ; 靶标蛋白 机构:四川大学化学学院 ; 四川大学化学学院 年份:2009
    摘要:近年来,分泌蛋白常被作为疾病诊断及药物研发等方面的靶标蛋白,故分泌蛋白的识别及其功能的预测对于相关工作的研究具有重要意义。单纯地用实验方法来检测分泌蛋白,不仅需要大量的时间,也会花费大量的资金。因此,构建一种快捷可靠的计算方法来预测分泌蛋白就变得十分迫切。相对于大量的非经典分泌蛋白和非分泌蛋白,只有少量的蛋白质是通过非经典分泌方式分泌到细胞外的。
  • 【期刊】 蛋白质相互作用网络的大尺度分析

    刊名:分析化学 作者:郭延芝 ; 马代川 ; 刁元波 ; 李益洲 ; 李梦龙 关键词:蛋白质相互作用网络 ; 尺度分析 ; 蛋白相互作用 ; 细胞周期调控 ; 内部运行机制 ; 细胞水平 ; 生物学功能 ; DNA复制 机构:四川大学化学学院 ; 四川大学化学学院 年份:2009
    摘要:蛋白质是活细胞生物功能的主要载体。但单个蛋白质并不能发挥任何作用,只有与其他蛋白相互作用才能具有生物学功能。蛋白质相互作用在绝大多数细胞水平的生物过程,如DNA复制与转录、信号转导和细胞周期调控等中有着十分关键的作用。从系统水平上研究蛋白质相互作用,被认为是揭示细胞内部运行机制的一个重要的策略。
  • 【期刊】 RNA-蛋白质相互作用位点的预测

    刊名:分析化学 作者:郭延芝 ; 王翠翠 ; 方亚平 ; 李梦龙 关键词:蛋白质复合物 ; 相互作用位点 ; 预测 ; mRNA ; 生物过程 ; 物理学方法 ; 计算机方法 ; 基因融合 机构:四川大学化学学院 ; 四川大学化学学院 年份:2009
    摘要:蛋白质与RNA的相互作用在很多生物过程中起到了非常重要的作用。例如,蛋白质的合成,基因融合,mRNA的加工等生物过程。RNA在蛋白质上的结合位点的识别,主要是通过生物物理学方法在体外研究和分析RNA蛋白质复合物。这些方法需要实验过程繁琐、耗费大量人力和财力。因此,建立一种计算机方法预测RNA-蛋白质相互作用位点非常必要。