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  • 【期刊】 映山红多态性微卫星标记的跨物种扩增研究

    刊名:北方园艺 作者:王书珍 ; 骆亮 ; 曾宜 ; 金卫斌 ; 向福 ; 方元平 关键词:跨物种扩增 ; 杜鹃花 ; 多态性 ; 简单重复序列 机构:黄冈师范学院生命科学学院大别山特色资源开发湖北省协同创新中心 ; 黄冈师范学院生命科学学院大别山特色资源开发湖北省协同创新中心 年份:2016
    摘要:以4个杜鹃花近缘种毛杜鹃(R.pulchrum)、西洋杜鹃(R.hybrida)、锦绣杜鹃(R.alutaceum)、羊踯躅(R.molle(Blume)G.Don)为试材,采用PCR方法,利用前期开发的映山红(Rhododendron simsii)多态性SSR标记进行跨物种扩增。结果表明:7个微卫星标记能够跨物种利用,为探讨杜鹃属植物种间的亲缘关系、杜鹃属种群遗传多样性、分化潜力和方向研究奠定了基础。
  • 【期刊】 中华鳖多态性微卫星标记跨物种扩增研究

    刊名:生物学杂志 作者:卜兴江 ; 聂刘旺 关键词:跨物种扩增 ; 中华鳖 ; 微卫星 ; 多态性 机构:安徽师范大学生命科学学院安徽省重要生物资源保护与利用研究重点实验室 ; 安徽师范大学生命科学学院安徽省重要生物资源保护与利用研究重点实验室 年份:2013
    摘要:微卫星是一种优秀的分子标记,并广泛应用于生物和医学的各个领域。但微卫星标记的开发成本较高,因而,利用近缘种已开发的微卫星标记已成趋势。利用本实验室已开发的21个中华鳖微卫星对鼋、斑鳖、山瑞鳖、刺鳖、佛罗里达鳖、两爪鳖、黄喉拟水龟和乌龟等8个物种进行跨物种检验。结果表明,4个微卫星位点(CST21、CST42、CST50和CST52)的引物能在所有8只个体中稳定扩增;而CST16在所有个体中都不能扩增出目的片段。跨物种扩增山瑞鳖结果最好,21个位点中有20个位点能稳定扩增;而乌龟扩增效果最差,只有6个位点能被扩增出目的产物。总之,中华鳖的21个微卫星位点多数可以在鳖科内各属间进行跨物种扩增,部分可以在跨科物种间扩增。
  • 【期刊】 基于SLAF-seq技术开发蓝圆鲹微卫星标记及跨物种扩增检测

    刊名:应用海洋学学报 作者:翟云 ; 吴仁协 ; 牛素芳 ; 周玲莉 ; 邱琦 ; 张浩冉 关键词:跨物种扩增 ; 海洋生物学 ; 蓝圆鲹 ; 微卫星标记 ; SLAF-seq 机构:广东海洋大学水产学院 ; 广东海洋大学水产学院 年份:2018
    摘要:采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术开发蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)微卫星标记,从获得的1 450个四至六碱基重复微卫星位点中随机挑选93个位点进行引物合成和多态性检测,最终开发出31个多态性微卫星标记.群体遗传学检测结果表明,31个位点的等位基因数为4~29(均值13.48),观测杂合度(Ho)为0.281~0.875(均值0.650),期望杂合度(He)为0.557~0.958(均值0.838),多态信息含量值(PIC)为0.456~0.939(均值0.803),表明所开发的31个微卫星位点均具有较高的多态性.Hardy-Weinberg平衡检测表明,17个位点符合HWE("哈迪-温伯格"平衡),且各位点间不存在连锁不平衡现象.跨物种扩增结果显示,分别有27、20、20、18、9个微卫星标记在颌圆鲹(Decapterus macarellus)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、竹荚鱼(Trachurus japonicus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中具有较好的通用性.本研究开发的多态性长碱基重复微卫星标记可为蓝圆鲹渔业资源的科学管理和保护提供有力的遗传学评估手段,亦可为圆鲹属和鲹科鱼类系统进化研究提供新的分析手段.
  • 【期刊】 跨物种扩增筛选获得蓝马鸡(Crossoptilon auritum)微卫星多态分子标记(英文)

    刊名:Chinese Birds 作者:谷浪屿 ; 刘阳 ; 王宁 ; 张正旺 关键词:跨物种扩增 ; Crossoptilon auritum ; 微卫星 ; Z-染色体连锁 机构:北京师范大学生命科学学院 ; 北京师范大学生命科学学院 ; 生物多样性与生态工程教育部重点实验室 ; 瑞士伯尔尼大学生态与进化研究所进化生态计算和分子群体遗传学组 ; 中山大学生命科学学院 ; 有害生物控制与资源利用国家重点实验室 年份:2012
    摘要:微卫星是分子生态学研究常用分子标记之一。与建库筛选获得微卫星的方法相比,跨物种扩增是快速获得近缘物种微卫星分子标记的一种有效方法。本研究通过对中国特有雉类蓝马鸡(Crossoptilon auritum)进行跨物种扩增,从鸡形目112个微卫星位点筛选获得了11个微卫星多态分子标记。这组分子标记的多态性从中度到高度,并包含一个Z-染色体连锁位点。利用这组分子标记对已知谱系的笼养个体进行初步亲子鉴定,表明这组微卫星分子标记的高度实用性能够为马鸡属及鸡形目其他濒危物种的保护遗传学研究提供有力工具。
  • 【期刊】 跨物种扩增筛选获得蓝马鸡(Crossoptilon auritum)微卫星多态分子标记(英文)

    刊名:中国鸟类(英文版) 作者:谷浪屿 ; 刘阳 ; 王宁 ; 张正旺 关键词:跨物种扩增 ; Crossoptilon auritum ; 微卫星 ; Z-染色体连锁 机构:北京师范大学生命科学学院 ; 北京师范大学生命科学学院 ; 生物多样性与生态工程教育部重点实验室 ; 瑞士伯尔尼大学生态与进化研究所进化生态计算和分子群体遗传学组 ; 中山大学生命科学学院 ; 有害生物控制与资源利用国家重点实验室 年份:2012
    摘要:微卫星是分子生态学研究常用分子标记之一。与建库筛选获得微卫星的方法相比,跨物种扩增是快速获得近缘物种微卫星分子标记的一种有效方法。本研究通过对中国特有雉类蓝马鸡(Crossoptilon auritum)进行跨物种扩增,从鸡形目112个微卫星位点筛选获得了11个微卫星多态分子标记。这组分子标记的多态性从中度到高度,并包含一个Z-染色体连锁位点。利用这组分子标记对已知谱系的笼养个体进行初步亲子鉴定,表明这组微卫星分子标记的高度实用性能够为马鸡属及鸡形目其他濒危物种的保护遗传学研究提供有力工具。
  • 【期刊】 利用SLAF-seq技术开发带鱼(Trichiurus japonicus)微卫星标记以及跨物种扩增检测

    刊名:基因组学与应用生物学 作者:张浩冉 ; 梁镇邦 ; 吴仁协 ; 牛素芳 ; 柯宗宇 ; 宿帅 ; 韦欢 ; 王权 ; 孙贝 关键词:跨物种扩增 ; 带鱼 ; 微卫星DNA标记 ; 高通量测序 ; SLAF-seq技术 机构:广东海洋大学水产学院 ; 广东海洋大学水产学院 年份:2019
    摘要:带鱼(Trichiurus japonicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层鱼类,长期位居我国单鱼种渔获量第一位。自上世纪70年代以来,持续过度捕捞和海洋环境变化导致中国近海带鱼资源基础和遗传多样性受到严重影响,但有关带鱼种群的微卫星DNA标记研究却较为缺乏,不利于该物种遗传资源评估和保护。为此,本研究采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,从带鱼的195 308个SLAF标签中识别出25 704个二至六碱基重复微卫星位点。经过引物扩增验证,最终筛选出36个具有多态性的微卫星标记。各位点等位基因数4~35,均值14.47。观测杂合度0.214~1.000,期望杂合度0.456~0.979,均值分别为0.620和0.803。所有位点的多态信息含量值均大于0.25。经Bonferroni校正,21个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡。这21个多态性微卫星标记可为带鱼的种群遗传资源研究提供新的有效分子标记和技术支撑。Bottleneck分析结果表明,宁波近海带鱼群体未检测到近期的遗传瓶颈效应,这可能与目前东海区带鱼野生群体数量还比较庞大、遗传变异仍然较为丰富有关。跨物种扩增结果显示,分别有12、16、4和3个带鱼微卫星标记在带鱼属(Trichiurus)、沙带鱼(Lepturacanthus savala)、窄颅带鱼(Tentoriceps cristatus)及小带鱼(Eupleurogrammus muticus)中具有较好的通用性,这些微卫星标记为今后带鱼科相应属、种的系统进化关系研究提供新的分析手段和契机。
  • 【期刊】 微卫星跨物种交叉PCR扩增的一个新问题:扩增非同源产物

    刊名:动物学研究 作者:岳根华 ; Balazs Kovacs ; Laszlo Orban 关键词:微卫星 ; 多态性 ; 进化 ; 非同源座位 机构:Reproductive ; Reproductive ; Genomics ; Strategic ; Research ; Program ; Temasek ; Sciences ; Laboratory ; Singapore ; Molecular ; Population ; Genetics ; Group ; Strategic ; Research ; Program ; Temasek ; Sciences ; Laboratory ; Singapore ; Regional ; University ; Center ; Excellence ; Environmental ; Industry ; Based ; Natural ; Resources ; G(o)d(o)ll(o) ; Hungary ; Reproductive ; Genomics ; Strategic ; Research ; Program ; Temasek ; Sciences ; Laboratory ; Singapore ; Department ; Biological ; Sciences ; National ; University ; Singapore ; Singapore 年份:2010
    摘要:微卫星已被广泛应用于群体遗传学、生态学和进化生物学研究.然而,一些物种微卫星尚未克隆.为了节省时间和经费,研究人员往往使用一个物种已发表的微卫星引物扩增其近缘物种的微卫星.该研究对属于3个不同科(Ciariidae、Heteropneustidae和Pimelodidae)的7个鲶鱼物种的微卫星跨物种PCR扩增产物进行了序列分析,研究发现扩增非同源(non-orthologous)产物足微卫星跨物种PCR扩增的一个新问题.该研究共采用4对胡子鲶微卫星座位引物对7个鲶鱼物种进行了跨物种PCR扩增.对获得的204个PCR产物的序列分析结果表明,两对微卫星座位引物扩增了所有7个物种的同源特异产物.而其他两个座位的引物扩增了特异但非同源的多态产物,对近缘物种的扩增也获得类似结果.另外,除胡子鲶等位基因大小异源同型(size homoplasy)的特征不明显外,其他物种在3个微卫星座位都具有这一非常明显的特征.这些数据表明,微卫星跨物种间交叉扩增能产生非同源产物;等位基因大小异源同型与微卫星座位本身有关,而与物种间的亲缘关系无明显的相关性.微卫星跨物种扩增产生的非同源产物和等位基因大小异源同型将使系统发育、群体遗传学和进化研究明显复杂化.因此,在应用微卫星跨物种交叉扩增数据以前,最好对跨物种交叉扩增产物进行测序验证.
  • 【期刊】 微卫星跨物种交叉PCR扩增的一个新问题:扩增非同源产物(英文)

    刊名:动物学研究 作者:岳根华 ; Balazs Kovacs ; Laszlo Orban 关键词:微卫星 ; 多态性 ; 进化 ; 非同源座位 机构:Reproductive ; Reproductive ; Genomics ; Strategic ; Research ; Program ; Temasek ; Sciences ; Laboratory ; Singapore ; Molecular ; Population ; Genetics ; Group ; Strategic ; Research ; Program ; Temasek ; Sciences ; Laboratory ; Singapore ; Regional ; University ; Center ; Excellence ; Environmental ; Industry ; Based ; Natural ; Resources ; Gdll ; Hungary ; Department ; Biological ; Sciences ; National ; University ; Singapore ; Singapore 年份:2010
    摘要:微卫星已被广泛应用于群体遗传学、生态学和进化生物学研究。然而,一些物种微卫星尚未克隆。为了节省时间和经费,研究人员往往使用一个物种已发表的微卫星引物扩增其近缘物种的微卫星。该研究对属于3个不同科(Clariidae、Heteropneustidae和Pimelodidae)的7个鲶鱼物种的微卫星跨物种PCR扩增产物进行了序列分析,研究发现扩增非同源(non-orthologous)产物是微卫星跨物种PCR扩增的一个新问题。该研究共采用4对胡子鲶微卫星座位引物对7个鲶鱼物种进行了跨物种PCR扩增。对获得的204个PCR产物的序列分析结果表明,两对微卫星座位引物扩增了所有7个物种的同源特异产物。而其他两个座位的引物扩增了特异但非同源的多态产物,对近缘物种的扩增也获得类似结果。另外,除胡子鲶等位基因大小异源同型(size homoplasy)的特征不明显外,其他物种在3个微卫星座位都具有这一非常明显的特征。这些数据表明,微卫星跨物种间交叉扩增能产生非同源产物;等位基因大小异源同型与微卫星座位本身有关,而与物种间的亲缘关系无明显的相关性。微卫星跨物种扩增产生的非同源产物和等位基因大小异源同型将使系统发育、群体遗传学和进化研究明显复杂化。因此,在应用微卫星跨物种交叉扩增数据以前,最好对跨物种交叉扩增产物进行测序验证。
  • 【期刊】 大鼠及小鼠微卫星引物在社鼠中的跨种扩增

    刊名:动物学杂志 作者:孙波 ; 鲍毅新 ; 张龙龙 ; 赵庆洋 ; 许婧 关键词:社鼠 ; 微卫星 ; 聚丙烯凝胶电泳 机构:浙江师范大学生态研究所 ; 浙江师范大学生态研究所 年份:2009
    摘要:利用微卫星引物在同一属、科、目不同种之间具有通用性的特点,通过PCR扩增、聚丙烯凝胶电泳和银染技术对社鼠(Niviventer confucianus)近缘物种大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)中已知的70个微卫星位点引物进行跨种扩增,筛选适合社鼠相关研究的多态微卫星引物。结果发现,40个位点引物出现扩增条带,21个位点引物能够稳定扩增,其中15个位点杂合,13个位点具有多态性;PCR扩增的Mg2+浓度主要集中在1.5及2.0mmol/L,退火温度在50~60℃之间不等。虽然部分扩增产物有影子带的存在,但并不影响等位基因的判读。总体来看,利用大、小鼠的微卫星引物扩增社鼠的微卫星位点是可行的。
  • 【期刊】 家鸡微卫星引物在灰胸竹鸡中的跨种扩增和特征分析

    刊名:中国鸟类 作者:黄族豪 ; 廖信军 关键词:灰胸竹鸡 ; 微卫星 ; 多态性 机构:井冈山大学生命科学学院 ; 井冈山大学生命科学学院 年份:2010
    摘要:灰胸竹鸡(Bambusicola thoracica)是中国特有鸟类.利用近缘种家鸡(Gallus gallus)中已发表的微卫星DNA标记引物,对灰胸竹鸡进行跨种扩增,得到10个多态位点.每个位点的等位基因数为4-13个,观察杂合度为0.1220-1.000,期望杂合度为0.1183-0.8898.4对引物显著偏离Hardy-Weinberg平衡.这些引物将为研究灰胸竹鸡的系统地理学和保护遗传学提供非常有用的工具.
  • 【期刊】 家鸡微卫星引物在灰胸竹鸡中的跨种扩增和特征分析(英文)

    刊名:Chinese Birds 作者:黄族豪 ; 廖信军 关键词:灰胸竹鸡 ; 微卫星 ; 多态性 机构:井冈山大学生命科学学院 ; 井冈山大学生命科学学院 年份:2010
    摘要:灰胸竹鸡(Bambusicola thoracica)是中国特有鸟类。利用近缘种家鸡(Gallus gallus)中已发表的微卫星DNA标记引物,对灰胸竹鸡进行跨种扩增,得到10个多态位点。每个位点的等位基因数为4-13个,观察杂合度为0.1220-1.000,期望杂合度为0.1183-0.8898。4对引物显著偏离Hardy-Weinberg平衡。这些引物将为研究灰胸竹鸡的系统地理学和保护遗传学提供非常有用的工具。
  • 【期刊】 跨物种筛选黄毛鼠的微卫星分子标记

    刊名:浙江师范大学学报(自然科学版) 作者:韩金巧 ; 谭江东 ; 王艳妮 ; 任鹏 ; 张新玉 ; 龚堃 ; 黄相相 ; 周晓 关键词:跨物种扩增 ; 黄毛鼠 ; 微卫星标记 ; 多态性 机构:浙江师范大学生态研究所 ; 浙江师范大学生态研究所 年份:2017
    摘要:利用微卫星引物侧翼序列具有保守性的特点进行了跨物种筛选黄毛鼠微卫星引物的研究.选取60对大鼠、小鼠已知的微卫星位点引物,对黄毛鼠的基因组DNA进行了PCR扩增,通过琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰氨凝胶电泳及基因扫描技术筛选了适合黄毛鼠的多态性位点引物.研究结果显示,60对微卫星位点引物中,17对引物能够稳定扩增,其中8对引物的多态信息含量(PIC)均大于0.5,为高度多态性引物.研究筛选到的微卫星位点可为后期黄毛鼠的种群遗传学研究提供参考.
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