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【期刊】 对精准医疗的系统生物学思考
摘要:精准医疗是指针对每个病人的遗传特征量体裁衣式地制定医学治疗方案,这是以全基因组测序为基础的,通过分层将个体归入疾病的不同亚组,而后有的放矢地采取预防性或治疗性干预措施。表观遗传学对个体的影响、生物信息学人才的培养、表型资料的作用、生物样本库建设以及医学数据的有效利用等,都是精准医疗研究的发展过程中亟待解决的问题。需要充分重视并运用系统生物学及系统医学的理论和方法,通过整合分析多个维度与多个层次的生命组学的动态变化,从而整体地、精确地认识疾病,提高精准医疗研究的效率,为医学事业和人类健康做出更大贡献。 -
【期刊】 XPPAUT在系统生物学中的应用
刊名:计算机与应用化学 作者:孔维旺 ; 易奇志 关键词:系统生物学 ; XPPAUT ; 分叉分析 ; 相平面分析 机构:江西师范大学数学与信息科学学院 ; 江西师范大学数学与信息科学学院 年份:2015摘要:XPPAUT具有卓越高效的计算能力与强大的图形表达能力,尤其在分叉分析方面独具优势,在系统生物学的研究中发挥着重要的作用。本文介绍了XPPAUT的基本知识,通过剖析系统生物学中四类典型的运算问题,如:求随机生物系统的数值解、相平面分析、分叉分析和模拟网络模体的信息处理功能,详细说明了XPPAUT在计算及绘图方面的应用。这将有助于读者深入了解XPPAUT的功能,掌握使用XPPAUT分析研究动力系统的方法。研究表明,XPPAUT计算功能强大,易于编程、理解和应用,是系统生物学研究不可缺少的一个工具。 -
【期刊】 系统生物学的方法论之争
摘要:系统生物学方法论的前沿研究由于其全方位和多层次的特点,成为科技哲学领域颇受关注的难点。系统生物学家们先后提出六种进路,即分子生物学方法论、新系统生物学方法论、机械论方法论、定性和因果模型方法论、综合模型方法论和数据与模型融合方法论以解决其方法论问题。尽管它们分别显示出其科学实践和理论意义的优越性,但因其缺点亦饱受诟病,故目前尚无单一主张获得诸方共识。要走出此困境,我们不仅应理清其历史的哲学矛盾根源,还需处理既有生物学现有方法论的融合和进一步探索生命的认识论问题。关于系统生物学哲学方法论前沿困境的思辨对于生物学各分支、系统科学乃至整个科学体系的拓展和延伸具有积极意义。 -
【期刊】 展望系统生物学助力中医药研究
刊名:中华中医药杂志 作者:张鹤 ; 张允岭 关键词:系统生物学 ; 中医药 ; 基因组学 ; 转录组学 ; 蛋白质组学 ; 代谢组学 机构:中国中医科学院广安门医院 ; 中国中医科学院广安门医院 ; 中国中医科学院西苑医院脑病科 年份:2020摘要:系统生物学是一种综合性研究方法;通过研究生物系统中不同部分(基因、蛋白质、代谢物等)之间的相互关系和相互作用;从整体性、动态性、多维度的角度去解析生命活动过程及机制;其研究特点与中医药"整体观""辨证论治"十分契合;在中医药研究中发挥了重要作用;文章简述了各组学技术常用的研究方法;分析并展望各组学技术在中医证候本质、中药作用靶点及作用机制、中药鉴定及中药安全性评价等方面的应用情况; -
【期刊】 “Systems biology”应译为“多系统生物学”
摘要:"Systems biology"是近年涌现的新学术领域,是应用多个学科的知识和大数据,用现代计算技术进行综合分析的整合型大科学。但关于其中译我有不同的看法。首先让人注意到的是,这个英文词猛然看起来不合语法,因为英文的定语是不用复数的。我曾向多人求教,未得其解。美国德克萨斯大学的安德森肿瘤中心新成立了"systems biology"系。我再次求教,被告知"systems"的"-s"是必须的,因为不是一个"system",而 -
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