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  • 【期刊】 影响猪免疫性状的单倍型关联分析

    刊名:畜牧兽医学报 作者:程笃学 ; 罗维真 ; 陈少康 ; 张龙超 ; 颜华 ; 李勇 ; 王立刚 ; 宋欣 ; 马小军 ; 刘欣 ; 李稳 ; 梁晶 ; 赵克斌 ; 王立贤 关键词:免疫性状 ; 单倍型 ; 关联分析 ; 机构:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 三元种业畜牧研究院 ; 北京市畜牧兽医总站 ; 四川农业大学动物医学院 年份:2013
    摘要:旨在缩小课题组前期全基因组关联分析(Genome-wide Association Study,GWAS)结果区间范围,为下一步大规模群体验证提供有效候选基因。应用GWAS检验出的显著SNP标记构建单倍型,在大白猪×民猪F2设计资源群体内开展其与4个血常规指标(红细胞压积(Haematocrit,HCT)、血红蛋白(Hemoglobin,HGB)、平均红细胞血红蛋白量(Mean Corpuscular Hemoglobin,MCH)、平均红细胞体积(Mean Corpuscular Volume,MCV))和3个T细胞亚群指标(CD4+CD8-CD3+、CD4-CD8+CD3+和CD4+CD8-CD3+/CD4-CD8+CD3+)合计7个免疫性状指标的关联分析,寻找显著单倍型区段中的候选基因。分析结果表明:7号染色体上的3个单倍型区段均与T细胞亚群指标关联极显著,单倍型区段3(block7-3)与HGB及HCT关联极显著;8号染色体上3个单倍型区段均与MCH和MCV关联极显著,并由此定位5个候选基因:影响T细胞亚群指标的ABCF1和PPP1R10基因,影响HGB及HCT的GRM4基因,影响MCH及MCV的ALB和AFP基因。结合上述结果及基因功能,定位的5个基因可作为候选基因开展下一步研究。
  • 【期刊】 利用超声波图像活体预测北京黑猪肌内脂肪含量

    刊名:畜牧兽医学报 作者:程笃学 ; 马小军 ; 王立刚 ; 刘欣 ; 宋欣 ; 梁晶 ; 张龙超 ; 颜华 ; 王立贤 ; 陈来华 ; 谢蜀杨 关键词:北京黑猪 ; 肌内脂肪 ; 超声波图像 机构:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 四川农业大学动物医学院 ; 北京世新华盛牧业科技有限公司 年份:2012
    摘要:本研究旨在利用超声波图像来活体预测北京黑猪背最长肌肌内脂肪含量。试验选用382头北京黑猪开展活体测定,性状包括体质量、10~11肋间眼肌面积、背膘厚和眼肌深度,并且采集猪左侧9~13肋之间距离背中线5cm处纵向超声波图像2张,在每张图像10~11肋间选定1个大小为80×80像素的区域作为研究对象,利用图像分析软件(matlab)分别获取了灰度梯度、灰度共生矩阵、小波变换3类图像参数。屠宰后立刻取胴体左侧10~11肋间背最长肌肉样,利用石油醚抽提法测定肌内脂肪含量(IMF)。以实际测定肌内脂肪含量(IMF)为因变量,体质量、背膘厚、眼肌面积、眼肌深度和图像参数为自变量,通过逐步回归分析法建立预测肌内脂肪含量(PIMF)的模型。重新选择112头北京黑猪利用实测肌内脂肪含量与预测肌内脂肪含量的相关分析进行模型验证。回归分析结果表明,有9个自变量达到显著水平(P<0.05),包括背膘厚、眼肌面积和7个图像参数。预测模型的决定次数(R-Square)和均方误差根(Root MSE)分别为0.305 8和0.006 5。相关性分析结果得到皮尔逊积矩相关系数(Pearson Correlation Coefficients)和斯皮尔曼相关系数(Spearman Correlation Coefficients)分别为0.553 4和0.627 2(P<0.000 1)。结果表明,利用超声波图像活体预测猪肌内脂肪含量是一种可行的方法,可为北京黑猪的育种工作提供一个技术基础。
  • 【期刊】 猪红细胞生成素受体基因突变与血常规性状关联分析

    刊名:畜牧兽医学报 作者:程笃学 ; 宋欣 ; 曹随忠 ; 张龙超 ; 王立刚 ; 李勇 ; 刘欣 ; 马小军 ; 梁晶 ; 陈少康 ; 罗维真 ; 颜华 ; 赵克斌 ; 王立贤 关键词:血常规性状 ; EPOR基因 ; 免疫性状 ; ; SNP 机构:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 四川农业大学动物医学院 ; 中国农业大学动物科技学院 年份:2012
    摘要:本研究旨在探索红细胞生成素受体基因(EPOR)影响红细胞相关性状的分子机理。对EPOR基因第1内含子和第4内含子突变位点g.705G>T和g.2373C>T,以飞行时间质谱进行个体基因型分型,在构建的大白猪×民猪F2代资源群体内开展其与6种血常规性状(红细胞压积、血红蛋白、平均红细胞血红蛋白量、平均红细胞体积、红细胞计数及红细胞分布宽度)的关联分析。结果表明,第1内含子突变位点g.705G>T未发现与血常规性状显著关联;第4内含子突变位点g.2373C>T群体内只发现2种基因型,其中CT基因型个体的红细胞压积显著高于CC基因型个体(P<0.05),但并未发现与其他性状显著关联。结果显示,EPOR基因突变可显著影响红细胞压积,说明该基因可作为影响红细胞压积的主效候选基因开展深入研究。
  • 【期刊】 亚麻油对育肥猪肉品质及脂肪组织脂肪酸组成的影响

    刊名:畜牧兽医学报 作者:程笃学 ; 蔡传江 ; 车向荣 ; 赵克斌 ; 王立贤 ; 颜华 ; 武晶 关键词:亚麻油 ; 肉品质 ; 脂肪酸组成 ; 肥育猪 机构:山西农业大学动物科技学院动物营养实验室 ; 山西农业大学动物科技学院动物营养实验室 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 年份:2009
    摘要:本试验旨在研究饲料添加亚麻油(linseed oil,LO)对育肥猪胴体指标、肉质及脂肪组织脂肪酸组成的影响。选用平均体质量为63 kg左右的健康大白猪84头(其中21头阉公猪),按体质量相近、性别比例一致原则随机分为3组,每组设4个重复,每个重复7头猪(1或2头阉公猪)。3个处理日粮为玉米-豆粕型日粮,分别添加0%、1.5%和3.0%LO,饲养试验时间为50 d。结果显示,与对照组相比,日粮中添加LO对猪胴体和肉品质指标均没有显著影响(P>0.05);日粮中添加LO显著提高皮下脂肪的α-亚麻酸(ALA)(P<0.01)、EPA(P<0.01)、DPA(P<0.05)含量,以及多不饱和脂肪酸(PUFA)(P<0.05)和n-3PUFA(P<0.01)总含量,同时显著降低花生四烯酸(P<0.01)和二十二碳四烯酸(P<0.01)含量,而对n-6PUFA总含量无显著影响(P>0.05)。结果表明,猪不但可以直接沉积α-亚麻酸,而且能将其进行进一步延长和脱饱和;饲料中添加1.5%LO可将猪皮下脂肪n-6 n-3PUFA比值降至4.1 1,接近人类健康饮食推荐水平,而日粮中添加3.0%LO则能降低皮下脂肪n-6 n-3PUFA比值至2.5 1,大大增加了猪脂肪组织的保健价值。
  • 【期刊】 猪SP-A基因启动子区的克隆与序列分析

    刊名:畜牧兽医学报 作者:程笃学 ; 陈书明 ; 晋大鹏 ; 王立贤 ; 张龙超 ; 颜华 关键词:猪SP-A基因 ; 启动子区 ; 克隆 ; 染色体步移 ; 序列分析 机构:山西农业大学动物科技学院 ; 山西农业大学动物科技学院 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 年份:2009
    摘要:为了探明猪SP-A基因的启动子及其转录调控机制,设计6条特异性引物,采用染色体步移、克隆测序以及序列比对分析,从大白猪基因组中扩增出一段长度为1 033 bp的猪SP-A基因的上游序列(DQ985806),其GC含量约为55%。经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-33 bp处存在1个TATA-box,另外还发现了GC-box、CAAT-box、GT-box以及转录起始子;该序列还包含Sp1、TF和NF-κB等转录因子结合位点以及1个特殊重复序列5-′CATCACTGT-3′。上述试验结果表明,所克隆的1 033 bp的DNA序列是大白猪SP-A基因的启动子区序列。
  • 【期刊】 利用大白猪X民猪F2资源群体开展瘦肉量全基因组关联研究

    刊名:农业生物技术学报 作者:程笃学 ; 罗维真 ; 张龙超 ; 颜华 ; 李勇 ; 王立刚 ; 宋欣 ; 马小军 ; 陈少康 ; 刘欣 ; 李稳 ; 梁晶 ; 赵克斌 ; 王立贤 关键词:全基因组关联研究 ; 瘦肉量 ; 机构:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 四川农业大学动物医学院 ; 中国农业大学动物科技学院 年份:2012
    摘要:高密度单核苷酸多态性(SNP)芯片的出现和基因分型技术平台的发展使在猪上开展全基因组关联分析(GWAS)研究成为现实。本研究以大白猪(Susscrofa)x民猪(S.scrofa)F:设计资源群体为研究对象,采用Illumina公司猪SNP60K分型芯片技术,开展胴体瘦肉量(LMW)GWAS研究,寻找与瘦肉量相关的遗传变异。所有F2代个体在达到(240+7)d日龄时进行屠宰测定。对分型后的355头F2个体,采用基于混合模型及回归的快速全基因组关联及基因组控制法(GRAMMAR.GC)方法进行GWAS分析,结果获得14个在染色体水平与瘦肉量性状显著关联的SNP位点(P〈9.63e.06,SSCl;P〈2.37e.05,SSC2;P〈I.56e.05,SSCl4)。其中2个SNP位点ALGA0010777和ALGA0010788分别位于1号染色体上285030256和285276856bp处;10个SNP位点都位于猪2号染色体末端,可能与己发现的瘦肉量基因突变位点IGF2-intron3一G3072A紧密连锁;2个SNP位点ASGA0065444和ASGA0065455位于14号染色体上99627980和100078535bp处。本研究为猪的瘦肉量性状提供了显著关联SNP位点,预测了新的候选基因。初步阐释了中外猪种瘦肉量性状巨大差异的分子机制,为进一步开展分子育种工作提供了基础研究资料。
  • 【期刊】 国外部分高繁殖力绵羊主效基因简述

    刊名:中国畜牧兽医 作者:程笃学 ; 储明星 ; 刘文忠 关键词:绵羊 ; 高繁殖力 ; 主效基因 机构:山西农业大学动物科技学院 ; 山西农业大学动物科技学院 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所农业部家养动物遗传资源与种质创新重点开放实验室 ; 山西农业大学动物科技学院 年份:2008
    摘要:繁殖性状是绵羊的重要经济性状。作者就国外一些高繁殖力绵羊品种的繁殖特性以及相关主效基因的发现、遗传效应、定位等研究进展作一综述。
  • 【期刊】 猪Nramp 1基因多态性与免疫功能的相关性

    刊名:中国农业科学 作者:程笃学 ; 吴宏梅 ; 王立贤 ; 马小军 关键词: ; Nramp1基因 ; PCR-RFLP ; 免疫功能 机构:中国农业科学院畜牧研究所 ; 中国农业科学院畜牧研究所 ; 中国农业科学院畜牧研究所 ; 中国农业科学院畜牧研究所 ; 甘肃农业大学动物医学院 年份:2008
    摘要:【目的】探讨Nramp1基因第6内含子多态在大白猪和松辽黑猪(是由杜洛克、长白猪和民猪合成)中的分布及其与猪免疫抗病的关系。【方法】采用PCR-RFLP法对165头大白猪和109头松辽黑猪Nramp1基因第6内含子多态性与免疫功能(中性粒细胞还原力和单核细胞细胞毒百分率)的相关性进行了研究。【结果】两个品种在该位点均存在多态性,品种间、合并基因型间免疫功能差异不大,但同一品种内不同基因型间差异显著;大白猪BB基因型个体的单核细胞细胞毒百分率显著高于AB基因型个体(P<0.05),BB基因型个体的中性粒细胞NBT还原力值极显著高于AB基因型个体(P<0.01),而在松辽黑猪中则是AB基因型个体的中性粒细胞NBT还原力值显著高于BB基因型个体(P<0.05);从断奶到出栏的死亡率分析显示大白猪BB基因型个体死亡率明显低于AB基因型个体,松辽黑猪则是AB基因型个体的死亡率明显低于BB基因型个体。【结论】品种内不同Nramp1基因型与免疫功能间存在着显著相关,Nramp1基因可作为抗病力性状的一个主要候选基因。
  • 【期刊】 FSHβ亚基基因与繁殖性能及胎盘性状的关联分析

    刊名:畜牧兽医学报 作者:程笃学 ; 陈来华 ; 王立贤 ; 季跃光 ; 颜华 ; 张龙超 ; 王立刚 ; 李勇 关键词:FSHβ亚基基因 ; 多态性 ; 繁殖性状 ; 胎盘效率 机构:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 北京世新华盛牧业科技有限公司 ; 新疆畜牧科学院畜牧科学研究所 年份:2010
    摘要:以117头大白猪为研究对象,以FSHβ亚基基因为候选基因,采用PCR产物直接电泳方法检测FSHβ亚基基因位点的多态性,检出3种基因型,分别为AA、AB和BB基因型。将基因座不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、初生体质量(BW)和胎盘性状(PT)进行关联分析。结果表明:FSHβ亚基基因在该位点上,就初产母猪而言,AA和AB基因型比BB型个体的TNB分别多3.25和2.37头(P<0.05),AA和AB基因型比BB型个体的NBA分别多3.31和2.49头(P<0.05)。就经产母猪而言,AA和AB基因型比BB型个体的TNB分别多2.71和1.60头(P<0.05),AA和AB基因型比BB型个体的NBA分别多2.95和1.74头(P<0.05)。AA基因型比AB和BB型个体的胎盘效率(PE)分别高16.28%和23.09%(P<0.05)。总体而言,FSHβ亚基基因在该位点的A等位基因对TNB、NBA和PE均表现为正效应。
  • 【期刊】 褪黑激素受体1A基因外显子2与小尾寒羊高繁殖力的关联

    刊名:安徽农业大学学报 作者:程笃学 ; 储明星 ; 刘文忠 ; 方丽 ; 叶素成 关键词:绵羊 ; 高繁殖力 ; 褪黑激素受体1A基因 ; PCR-RFLP 机构:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中国农业科学院家养动物遗传资源与种质创新重点开放实验室 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中国农业科学院家养动物遗传资源与种质创新重点开放实验室 ; 山西农业大学动物科技学院 ; 山西农业大学动物科技学院 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中国农业科学院家养动物遗传资源与种质创新重点开放实验室 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中国农业科学院家养动物遗传资源与种质创新重点开放实验室 年份:2008
    摘要:以褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A,MTNR1A)基因为候选基因,通过2种限制性内切酶(MnlⅠ、RsaⅠ),采用PCR-RFLP技术检测MTNR1A基因第2外显子主要序列在高繁殖力绵羊品种小尾寒羊中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果表明,MTNR1A基因外显子2的605位碱基处表现出MnlⅠ酶切多态性,在小尾寒羊中检测到3种基因型:MM(236 bp/236 bp)、Mm(236 bp/303 bp)、mm(303 bp/303 bp),MM和Mm基因型频率明显高于mm基因型频率。MTNR1A基因外显子2的604位碱基处表现出RsaⅠ酶切多态性,在小尾寒羊中检测到3种基因型:RR(267 bp/267 bp)、Rr(267 bp/290 bp)、rr(290 bp/290 bp),RR和Rr基因型频率明显高于rr基因型频率。复合基因型MMRR、MMRr、MmRR、MmRr的频率明显高于MMrr、mmRR、mmRr的频率,没有检测到mmrr复合基因型。小尾寒羊产羔数在MnlⅠ和RsaⅠ酶切复合基因型之间没有显著差异,但至少携带一个拷贝等位基因M的小尾寒羊比不携带M的具有稍微较高的产羔数,基因型为mm的小尾寒羊产羔数比其他基因型的小尾寒羊平均低0.26只。
  • 【期刊】 利用大白猪×民猪F_2资源群体开展瘦肉量全基因组关联研究

    刊名:农业生物技术学报 作者:程笃学 ; 罗维真 ; 张龙超 ; 颜华 ; 李勇 ; 王立刚 ; 宋欣 ; 马小军 ; 陈少康 ; 刘欣 ; 李稳 ; 梁晶 ; 赵克斌 ; 王立贤 关键词:全基因组关联研究 ; 瘦肉量 ; 机构:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 四川农业大学动物医学院 ; 中国农业大学动物科技学院 年份:2012
    摘要:高密度单核苷酸多态性(SNP)芯片的出现和基因分型技术平台的发展使在猪上开展全基因组关联分析(GWAS)研究成为现实。本研究以大白猪(Sus scrofa)×民猪(S.scrofa)F2设计资源群体为研究对象,采用Illumina公司猪SNP60K分型芯片技术,开展胴体瘦肉量(LMW)GWAS研究,寻找与瘦肉量相关的遗传变异。所有F2代个体在达到(240±7)d日龄时进行屠宰测定。对分型后的355头F2个体,采用基于混合模型及回归的快速全基因组关联及基因组控制法(GRAMMAR-GC)方法进行GWAS分析,结果获得14个在染色体水平与瘦肉量性状显著关联的SNP位点(P<9.63e-06,SSC1;P<2.37e-05,SSC2;P<1.56e-05,SSC14)。其中2个SNP位点ALGA0010777和ALGA0010788分别位于1号染色体上285030256和285276856bp处;10个SNP位点都位于猪2号染色体末端,可能与已发现的瘦肉量基因突变位点IGF2-intron3-G3072A紧密连锁;2个SNP位点ASGA0065444和ASGA0065455位于14号染色体上99627980和100078535bp处。本研究为猪的瘦肉量性状提供了显著关联SNP位点,预测了新的候选基因。初步阐释了中外猪种瘦肉量性状巨大差异的分子机制,为进一步开展分子育种工作提供了基础研究资料。
  • 【期刊】 降低日粮赖氨酸净能比对育肥猪生产性能及肉品质的影响

    刊名:动物营养学报 作者:程笃学 ; 蔡传江 ; 王立贤 ; 赵克斌 ; 车向荣 ; 颜华 ; 乔莉娟 关键词:赖氨酸净能比 ; 生产性能 ; 肉品质 ; 育肥猪 机构:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 ; 山西农业大学动物科技学院 年份:2010
    摘要:本试验旨在研究降低日粮赖氨酸净能比(Lys/NE)对育肥猪生产性能及肉品质的影响。选用140头(30.0±1.6)kg大白猪,按体重相近,性别比例一致原则随机分到5个处理,每个处理4个重复,每个重复7头猪。在30~61kg阶段所有猪饲喂相同日粮,随后的育肥阶段各处理分别饲喂5种处理日粮:对照、低赖氨酸-1、低赖氨酸-2、低蛋白质-1和低蛋白质-2(粗蛋白质水平分别为15.20%、15.02%、15.11%、12.73%和10.10%;Lys/NE分别为0.72、0.58、0.46、0.58和0.46g/MJ)。结果表明,与对照相比,低赖氨酸-1和低赖氨酸-2处理可显著提高育肥猪平均日增重和肌内脂肪含量(P<0.05),但同时降低粗蛋白质水平对平均日增重和肌内脂肪含量没有显著影响(P>0.05)。各处理间日均采食量、料重比、宰前活重、屠宰率、pH1h、pH24h、剪切力和滴水损失差异均不显著(P>0.05)。与对照相比,低赖氨酸-2和低蛋白质-2处理显著降低肉色值(P<0.05)。除低蛋白质-2处理的育肥猪血浆尿素氮含量显著低于对照外(P<0.05),其他各处理间血浆尿素氮含量差异不显著(P>0.05)。与对照相比,低赖氨酸-1和低赖氨酸-2处理的血浆类胰岛素生长因子-Ⅰ含量显著降低(P<0.05),而低蛋白质-1和低蛋白质-2处理的血浆类胰岛素生长因子-Ⅰ含量显著提高(P<0.05)。结果提示,育肥猪日粮Lys/NE由0.72g/MJ降至0.46g/MJ可显著提高猪肉肌内脂肪含量;育肥猪日粮Lys/NE降至0.46g/MJ时,若同时降低日粮蛋白质水平至10.10%,则会降低育肥猪的饲料转化效率。
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