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  • 【专利】 一种面向高性能计算云平台的作业调度方法

    作者:温书豪 ; 刘阳 ; 马健 ; 杨明俊 ; 赖力鹏 ; 张佩宇 ; 林帅康 年份:2016
    摘要:本发明涉及一种面向高性能计算云平台的作业调度方法,包括以下步骤:将若干作业根据计算资源需求分类为若干种从小到大尺寸层级的作业箱;设置多个等候队列且等候队列;根据多个等候队列的不同分配资源权重系数对每个计算节点设置槽位布局;根据槽位空余情况将队首作业箱分配到计算节点上不同的槽位之中。本发明通过将作业任务进行分类,较小作业箱可以无缝隙的填满大的作业箱。不会因为装箱问题导致利用率降低。再根据实时计算的比例,调度器会调整现有计算节点的槽位布局,使得各种作业箱的槽位总数比例与计算的一致。这样可以将作业调度的公平性充分提高,不会出现作业饥饿的情况。
  • 【专利】 用于有机分子晶体结构预测中高精度能量排位方法

    作者:温书豪 ; 金颖滴 ; 曾群 ; 张佩宇 ; 马健 ; 赖力鹏 年份:2018
    摘要:本发明属于有机分子晶体结构技术领域,具体涉及用于有机分子晶体结构预测中高精度能量排位方法,包括确定中心单胞的量子力学作用半径;中心单胞内,采用密度分块相互作用算法进行能量计算;半径R的范围内,中心单胞外的分子对中心单胞内分子的作用能在量子力学精度下计算;在经典分子力学精度条件下,计算半径R范围之外,周期性扩展单胞对中心单胞内分子的作用能;计算晶体总能量,晶体总能量包括中心单胞内的能量,以及中心单胞与周期性扩展单胞之间的能量。本发明提高了药物分子晶体中能量计算效率,精准的能量反馈,在晶体预测过程,将引导CSP在正确的方向上寻找真正的低能优势晶型。
  • 【专利】 一种晶体粉末衍射的指标化方法

    作者:温书豪 ; 刘雪涛 ; 马健 ; 张佩宇 ; 赖力鹏 年份:2018
    摘要:本发明提供一种晶体粉末衍射的指标化方法,包括:(1):预设参数;(2):根据预设的试探空间群序列,指定试探空间群;(3):生成初始的晶胞参数;(4):根据空间群的消光条件,对每组晶胞均计算其对应的理想衍射峰位,与实验粉末衍射峰一并作为输入,计算代价函数值;(5):对每个晶胞进行晶胞约化,然后进行固定空间群的晶胞局域优化;(6):检查最佳的匹配度是否达到预设的阈值;(7):记录最终的匹配度评分最佳的一个晶胞,回到步骤(2),或者生成新的晶胞参数并回到步骤(4);步骤(8):对记录里的所有晶胞过滤后获得最终的推荐晶胞。本发明可以在给出晶胞参数和密勒指标的同时也解出空间群,减少额外的空间群确定工作。
  • 【专利】 类药有机分子的自动化构象分析方法

    作者:温书豪 ; 刘阳 ; 张佩宇 ; 杨明俊 ; 孙广旭 ; 马健 ; 赖力鹏 年份:2018
    摘要:本发明属于类药有机小分子模拟计算领域,具体涉及类药有机分子的自动化构象分析方法,包括:将输入分子提取成一组片段,片段分为三种类型:柔性键片段、环异构片段和构型异构片段;基于知识的构象推荐;基于力场扫描的构象推荐;利用QM的方法验证产生的构象;如果验证通过,说明推荐的构象是有效的,否则进行力场进行校正;汇集片段的构象列表;使用遗传算法,将各个片段的构象参数进行组合优化,找到最优的一组构象。本发明结合基于知识和计算两种方法的优点,可获得准确的构象推荐;当通用力场描述能力有限时,可以通过QM计算对通用力场进行校正,形成对于该片段描述跟精确的专有力场。
  • 【专利】 一种自动高效DFTB排斥势拟合方法

    作者:温书豪 ; 曾群 ; 张佩宇 ; 金颖滴 ; 马健 ; 赖力鹏 年份:2018
    摘要:本发明提供一种自动高效DFTB排斥势拟合方法,包括以下步骤:步骤(1):优化包含原子对的分子;根据排斥势作用区间,进行原子对间距扫描;步骤(2):对扫描结果进行高精度能量计算;步骤(3):能量差分计算力和能量的二阶导数;步骤(4):将结构、能量、力和能量二阶导数存入数据库;步骤(5):得到未包含排斥势的能量、力和能量二阶导数,获得排斥势目标值;步骤(6):将分离的排斥势目标值转换成样条曲线;步骤(7):将多条样条曲线在平衡位置点间的平均位置拼接,得到全新的训练数据;步骤(8):用必须样本和选择样本构建训练集;步骤(9):使用奇异值分解拟合排斥势。本发明克服了键类型不平衡拟合问题。
  • 【专利】 基于神经网络的分子结构和化学反应能量函数构建方法

    作者:温书豪 ; 张佩宇 ; 方栋 ; 杨明俊 ; 马健 ; 赖力鹏 年份:2018
    摘要:本发明属于量子化学技术领域,具体涉及一种基于神经网络的分子结构和化学反应能量函数构建方法,包括对分子或化学反应的各个自由度进行取样;通过量化计算寻找低能构象结构;对结构进行能量计算,准备训练集和测试集;选取合适的坐标表示结构;针对不同的坐标,构建不同的特征来描述结构;选取合适的神经网络;选取合适的方法对神经网络进行训练;训练完成后,在测试集进行误差统计,当误差小于1.0 kcal/mol时,训练结束;如果误差大于1.0 kcal/mol,则遵循重新寻找模型。本发明得到的构象能和反应能等精度更高,可以广泛的应用于量子动力学和分子动力学过程中;既可以模拟单分子构象,也可以模拟化学反应,包括分子内或分子间的断键和生成。
  • 【会议】 N型半导体材料的电子及空穴迁移性质研究

    作者:温书豪 ; 柴硕 ; 黄金斗 ; 邓伟桥 ; 韩克利 关键词:n型材料 ; 各项异性迁移率 ; 电荷转移 ; 电子亲和势 ; 电子耦合 机构:中国科学院大连化学物理研究所 ; 中国科学院大连化学物理研究所 年份:2010
    摘要:由于在制作工艺和生产成本等方面具有突出的优点,具有π共轭结构的有机半导体材料在电子学领域有着广泛的应用。现有的π共轭有机分子体系中缺少稳定的,具有较好电子注入能力以及电子迁移性质的有机分子,因此n型半导体材料的发展收到了很大的限制。在有机共轭分子上面引入一些具有吸电子能力的原子和基团能够有效地提高电子输运能力,得到n型半导体材料。我们主要采用的是密度泛函理论方法来研究加入吸电子基团后的有机半导体分子的电子以及空穴的迁移性质,并且模拟电子及空穴的空间各向异性载流子迁移率。我们的结果表明,通过引入这些吸电子基团能够有效地降低分子轨道能量,增强电子亲和势,有利于提高电子注入能力和材料在空气中的稳定性。虽然引入这些基团会带来重组能的增加,但同时会使分子间的电子耦合强度达到上百 meV,能够保证迁移率的提高。空间各向异性迁移率的研究也表明了要想获得最大的载流子迁移率,控制探测器件与有机材料的相对方向非常重要。理论研究结果对于分子及材料设计有着重要的指导意义。
  • 【期刊】 钼硫碘纳米线结构特性和化学改性的理论研究

    刊名:催化学报 作者:温书豪 ; 侯柱锋 ; 刘建勇 ; 何国钟 关键词:钼硫碘纳米线 ; 密度泛函理论 ; 结构特性 ; 化学改性 ; 投影态密度 ; 电荷密度 机构:中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室 ; 中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室 ; 复旦大学物理系 年份:2010
    摘要:采用第一性原理密度泛函理论研究了纳米线结构的钼硫碘材料.结构的理论模拟结果显示,钼硫碘纳米线机械性能很高,且其形变过程中显示出一种特殊的磁滞现象.形成能、投影态密度以及电荷密度的计算结果显示,使用电负性接近硫的碳元素可对钼硫碘纳米线化学改性同时不失去其良好的结构性能和电子性能.该结果为化学改性铝硫碘纳米线材料应用于催化提供了依据.这些钼硫碘纳米线材料将在纳米电子学、纳米机械学、催化、纳米限域等研究中有潜在应用.
  • 【期刊】 钼硫碘纳米线结构特性和化学改性的理论研究(英文)

    刊名:催化学报 作者:温书豪 ; 侯柱锋 ; 刘建勇 ; 何国钟 关键词:钼硫碘纳米线 ; 密度泛函理论 ; 结构特性 ; 化学改性 ; 投影态密度 ; 电荷密度 机构:中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室 ; 中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室 ; 复旦大学物理系 年份:2010
    摘要:采用第一性原理密度泛函理论研究了纳米线结构的钼硫碘材料. 结构的理论模拟结果显示, 钼硫碘纳米线机械性能很高, 且其形变过程中显示出一种特殊的磁滞现象. 形成能、投影态密度以及电荷密度的计算结果显示, 使用电负性接近硫的碳元素可对钼硫碘纳米线化学改性同时不失去其良好的结构性能和电子性能. 该结果为化学改性钼硫碘纳米线材料应用于催化提供了依据. 这些钼硫碘纳米线材料将在纳米电子学、纳米机械学、催化、纳米限域等研究中有潜在应用.
  • 【专利】 来那度胺新晶型、其制备方法及其医药用途

    摘要:本发明涉及来那度胺二水合物新晶型、其制法及其药物组合物与应用。所述二水合物晶型DH结晶度高、重现性好、无有机溶剂,无水晶型formα稳定性高、重现性好、易于控制;其制备方法为:将来那度胺用水或硝基甲烷溶解,室温混悬,离心后的固体分别于40℃和70℃干燥,即分别获得二水合物晶型DH和无水晶型formα,操作简单,易于控制。
  • 【专利】 药物晶体结构全景分析系统及其全景分析方法

    作者:温书豪 ; 师雪坤 ; 陈勇攀 ; 刘阳 ; 张佩宇 ; 马健 ; 赖力鹏 年份:2018
    摘要:本发明属于药物晶体分析技术领域,具体为药物晶体结构全景分析系统及其全景分析方法,药物晶体结构全景分析系统通过调用云计算接口,利用事先部署在云端的算法对输入的晶体的能量进行计算,根据返回的计算结果,生成晶体的能量与密度的空间群全景排列图;根据需要选择分析,分析报告结果汇总成最终报告,导成文本文件。本发明提供的药物晶体结构全景分析系统及其全景分析方法,适应新技术背景下的药物晶体结构分析需求,一方面能够对某一药物分子可形成的多种结构的大量晶体进行分析;另一方面是能够从更多的角度来对晶体结构的性质和相似性进行分析,为使用者提供更有力的分析支持。
  • 【专利】 原子类型定义系统及其原子类型匹配方法

    作者:温书豪 ; 师雪坤 ; 曹风雷 ; 杨明俊 ; 孙广旭 ; 张佩宇 ; 马健 ; 赖力鹏 年份:2018
    摘要:本发明属于力场技术领域,具体为原子类型定义系统及原子类型匹配方法,包括原子类型可视化UI界面、原子类型匹配模块、原子类型数据管理模块、原子类型格式转换模块;所述的原子类型数据管理模块包括原子类型定义数据包。本发明设计的原子类型定义方式可以描述嵌套关系、继承关系、层级关系、树形关系和各种复杂的原子化学环境,提升了描述能力,能描述更丰富、更精确的原子类型,力场的计算就能更准确。可以对原子类型实现便捷的操作,增、删、改、查、多维度统计都非常直观方便。比现有的方法效率更高效,匹配的准确度更高。
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