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  • 【期刊】 义乌小鲵微卫星位点的跨种扩增

    刊名:安徽农业科学 作者:刘盼 ; 陈雅琴 ; 邵晨 ; 王宇 关键词:微卫星 ; 义乌小鲵 ; 跨种扩增 ; 多态性 机构:浙江师范大学化学与生命科学学院 ; 浙江师范大学化学与生命科学学院 年份:2018
    摘要:[目的]筛选具有多态性的义乌小鲵(Hynobius yiwuensis)微卫星位点。[方法]采用跨种扩增的方法从安吉小鲵(H.amjiensis)和中国小鲵(H.chinensis)的113个微卫星位点中筛选具有多态性的义乌小鲵微卫星位点。[结果]筛选出11个具有多态性的义乌小鲵微卫星位点。这些多态性微卫星位点的等位基因数为2~6个(平均3.55),观察杂合度为0.200~1.000(平均0.510),期望杂合度为0.500~0.732(平均0.662),多态信息含量为0.375~0.737(平均0.588)。[结论]筛选得到的具有多态性的11个义乌小鲵微卫星位点可应用于其种群遗传学和保护遗传学的研究。
  • 【期刊】 翘嘴鳜F_2家系选育及微卫星亲子鉴定

    刊名:水生生物学报 作者:杨凯 ; 成为为 ; 高银爱 ; 王青云 ; 罗峰 ; 夏儒龙 ; 朱思华 ; 程颖红 ; 邓国乔 关键词:微卫星 ; 翘嘴鳜 ; 亲子鉴定 ; 家系 机构:武汉市水产科学研究所 ; 武汉市水产科学研究所 年份:2015
    摘要:翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)俗称"桂花"、"季花",隶属于鲈形目(Perciformes),鳜属(Siniperca),是鳜属鱼类中体型最大、生长最快的一种~([1])。其肉质坚实细嫩、味道鲜美、营养丰富、无肌间刺,是一种经济价值很高的名贵鱼类,在我国淡水养殖业中占有重要的经济地位~([2])。目前,养殖的翘嘴鳜亲鱼大多从野生资源中捕获而来,缺乏定向选育,加之一些繁育单位不注重亲鱼的保种和留种工作,甚至为了生产上的方便,选择个体小,性成熟早的个
  • 【期刊】 云南切梢小蠹微卫星的高通量发掘

    刊名:环境昆虫学报 作者:袁远 ; 张丽芳 ; 吴国星 ; 朱家颖 关键词:微卫星 ; 云南切梢小蠹 ; 重复单元 ; 重复类型 机构:云南农业大学植物保护学院 ; 云南农业大学植物保护学院 ; 西南林业大学云南省森林灾害预警与控制重点实验室 年份:2014
    摘要:基于构建获得的云南切梢小蠹转录组数据库,利用MISA(MicroSatellite)软件对其微卫星进行了高通量发掘。在32595681 bp的转录组序列中,共发掘获得1098个微卫星序列。在这些微卫星序列中,单核苷酸和三核苷酸微卫星重复单元最为丰富,分别为420和482个;六核苷酸的微卫星重复单元的丰度最小,仅有3个。就重复序列而言,以A/T单碱基重复序列最多,有367个;其次是AAT/ATT和ATC/ATG三碱基序列,有83个;最少的是CG/CG二碱基序列,有2个。研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行云南切梢小蠹种群遗传结构、种群遗传多样性、功能基因组学等研究奠定了基础。
  • 【期刊】 绿尾虹雉全基因组微卫星分布规律研究

    刊名:四川动物 作者:崔凯 ; 岳碧松 关键词:微卫星 ; 绿尾虹雉 ; 基因组 机构:四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室 ; 四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室 年份:2018
    摘要:分析了绿尾虹雉Lophophorus lhuysii全基因组中微卫星的数量和分布规律,并对外显子中含有微卫星的基因进行了注释分析。结果显示,在绿尾虹雉1. 01 Gb的全基因组中,1~6个碱基重复类型的完美型微卫星序列共292 430个,总长度5 465 549 bp,相对丰度为290. 47个/Mb,占全基因组的0. 54%,序列长度主要为10~43 bp。不同类型的微卫星中,单碱基重复类型数量最多,长度为3 535 260 bp,占71. 75%,其次是四碱基(611 568 bp,9. 99%)、二碱基(376 944 bp,7. 07%)、三碱基(335 742 bp,6. 38%)、五碱基(500 615 bp,3. 93%)和六碱基(105 420 bp,0. 88%)重复类型。在绿尾虹雉全基因组中,数目最多的10种优势微卫星分别是:A、C、AAAC、AT、AAAT、AC、AAT、AAC、AG、AAAAC,共计占90. 20%,表现出明显A偏倚。分布于外显子的微卫星有2 816个,内含子的有101 791个,基因间区的有187 823个。外显子的微卫星分布于1 314个编码基因中。GO注释分析发现,这些编码基因主要与细胞组分有关,富集前10的条目主要与代谢、转录和合成过程有关。KEGG富集最显著的通路是黏着连接通路。位于外显子的微卫星移码突变可能会造成基因突变,进而可能会影响绿尾虹雉对环境信号的处理。本研究为绿尾虹雉的微卫星筛选和进一步的遗传多样性、功能研究提供了数据基础,从分子角度为绿尾虹雉的保护提供了基础信息。
  • 【期刊】 乌头驴和三粉驴微卫星遗传多态性分析

    刊名:中国畜牧杂志 作者:刘艳艳 ; 谭晴晴 ; 范阳阳 ; 张全芳 ; 盛清凯 ; 贾涛 ; 董书光 ; 步迅 关键词:微卫星 ; 遗传多样性 ; 乌头驴 ; 三粉驴 ; @@ 机构:山东省农业科学院生物技术研究中心 ; 山东省农业科学院生物技术研究中心 ; 山东省农业科学院应用生命科学实验室 ; 胶类中药源性DNA分子鉴定实验室 ; 山东省农业科学院畜牧兽医研究所 ; 山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室 ; 山东禹城惠民农业科技有限公司 ; 山东省德州黑驴养殖繁育保种基地 ; 山东省农业科学院地方驴品种资源保护科研中心 ; 山东东阿国胶堂阿胶药业有限公司 年份:2017
    摘要:实验旨在了解德州驴中乌头驴和三粉驴2个品系的遗传多态性.利用13个微卫星位点,通过建立多重多色毛细管电泳荧光检测方法,对39头三粉驴和16头乌头驴进行遗传多样性分析,对等位基因数、多态信息含量(PIC)、遗传杂合度和有效等位基因数进行统计分析.结果表明:13对微卫星位点三粉驴P[C指数平均值为0 47,乌头驴PIC指数平均值为0.40,德州驴2个品系PIC总的平均值为0.47.其中乌头驴品系平均等位基因数为3 31,平均观测杂合度为0.27,有效等位基因数为2.11.三粉驴品系平均等位基因数为4.46,平均观测杂合度为0.33,有效等位基因数为2 61.由此可见,三粉驴比乌头驴的遗传多态性高,但2个驴品系的遗传杂合度均偏低,遗传变异程度较小.
  • 【期刊】 基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选

    刊名:生态学报 作者:闫路路 ; 秦艳杰 ; 闫喜武 ; 王琳楠 ; 毕成隆 ; 张津源 关键词:微卫星 ; 菲律宾蛤仔 ; 转录组 ; 遗传多样性 机构:大连海洋大学 ; 大连海洋大学 ; 水产与生命学院 ; 辽宁省贝类良种繁育工程技术研究中心 年份:2015
    摘要:以菲律宾蛤仔转录组测序所得拼接序列为基础,采用MISA软件进行微卫星分析,对其中的145个微卫星位点进行引物设计,得到具有清晰扩增条带的微卫星位点58个。对大连庄河野生蛤仔群体的扩增结果表明,18个位点显示单态性,40个位点表现为多态性。该群体40个多态性微卫星位点得到的等位基因数在2—6之间,平均等位基因数为3.4250±0.9718,观测杂合度和期望杂合度分别在0.0000—1.0000和0.0615—0.7996之间,平均值分别为0.2727±0.2272和0.4739±0.1902,群体平均Nei指数为0.4664±0.1872。多态信息含量(PIC)在0.0586—0.7529之间,平均值为0.4148±0.1707,其中16个微卫星位点的PIC值大于0.5,为高度多态性,15个位点0.25微卫星标记的方法,在很大程度上推动了DNA分子标记的开发。研究开发的微卫星标记可用于蛤仔群体遗传学、遗传连锁图谱构建及其他相关研究,为蛤仔分子标记辅助育种及群体种质保护等工作提供技术支持。
  • 【期刊】 晶帽石斛多态性微卫星开发及种质鉴定

    刊名:贵州农业科学 作者:丁鸽 ; 张代臻 ; 丁小余 关键词:微卫星 ; 晶帽石斛 ; 遗传多样性 ; 纯度鉴定 机构:盐城工学院化学与化工学院 ; 盐城工学院化学与化工学院 ; 盐城师范学院江苏省滩涂生物资源与环境保护重点建设实验室 ; 南京师范大学生命科学学院 年份:2015
    摘要:为了对石斛属药用植物资源鉴定及种质的GAP生产及保护提供参考,利用筛选出的10对SSR引物对晶帽石斛进行遗传多样性及遗传结构分析。结果表明:平均每个SSR位点等位变异数为5.3个;表观杂合度(Ho)范围为0.164~0.531,期望杂合度(He)范围为0.179~0.518;利用10对SSR引物对石斛属试验材料进行跨种扩增,检测出有9对SSR引物具有种间通用性。用筛选的3对SSR引物检测集约化种植过程中的晶帽石斛组培苗的种质纯度显示,所开发的SSR标记可用于晶帽石斛的遗传多样性分析及组培苗的品种纯度鉴别。
  • 【期刊】 牙鲆家系亲权鉴定的微卫星DNA标记分析

    刊名:水产学报 作者:刘永新 ; 孙朝徽 ; 王玉芬 ; 刘奕 ; 刘英杰 关键词:微卫星 ; 牙鲆 ; 家系 ; 亲权鉴定 ; 排除概率 机构:中国水产科学研究院 ; 中国水产科学研究院 ; 中国水产科学研究院北戴河中心实验站 ; 中国水产科学研究院珠江水产研究所 年份:2015
    摘要:为准确进行不同家系的亲权鉴定,筛选具有高亲本排除概率的微卫星DNA标记,从牙鲆选育基础群体中挑选性腺发育良好的雌雄亲本各10尾建立全同胞家系10个,从独立饲养的每个家系中随机选取30尾个体组成系谱结构已知的家系群体,从混合培育的子代群体中随机选取200尾个体组成系谱结构未知的混合群体。48个微卫星DNA标记选自牙鲆第二代遗传连锁图谱,且均匀分布于24个连锁群上,每个连锁群2个标记。家系群体的遗传分析结果发现,10个拥有丰富遗传多态性的微卫星DNA标记表现出高的亲本排除概率,其Excl 1和Excl 2的范围分别为0.655~0.719和0.792~0.837。随鉴定所用微卫星DNA标记数目的增加,累计排除概率逐步升高。当使用8个微卫星DNA标记鉴定时,累计排除概率达到100%。利用这些标记开展混合群体的亲权鉴定,显示共有13个雌雄个体参与繁殖过程,不同亲本配组产生的后代数量存在差异,亲本与后代群体之间的各项遗传学统计指标不存在明显差异。研究表明,筛选出具有高亲本排除概率的微卫星DNA标记能够有效进行牙鲆家系的亲权鉴定,可以作为今后开展家系选育与DNA分子标记联合育种的候选标记。
  • 【期刊】 基于高通量测序的达氏鲟微卫星标记筛选

    刊名:动物学杂志 作者:李薇 ; 李久煊 ; 荆慧芳 ; 雷毅 ; 宋昭彬 关键词:微卫星 ; 达氏鲟 ; 多态性 ; 高通量测序 机构:四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室 ; 四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室 ; 四川大学生命科学学院 ; 生物资源与生态环境教育部重点实验室 ; 四川大学生命科学学院 年份:2017
    摘要:达氏鲟(Acipenser dabryanus)是我国特有的珍稀鱼类,主要分布在长江上游干支流。由于人类活动的影响,其种群数量急剧下降,被列为国家Ⅰ级重点保护动物、IUCN红色名录极危(CR)物种。本研究针对当前达氏鲟群体的濒危现状,应用微卫星标记开展达氏鲟保护遗传学研究。通过高通量测序成功筛选出25个微卫星位点,采用18尾野生个体和30尾人工繁殖个体对其多样性进行了检验,结果表明,25个位点共检测出181个等位基因,每个位点的等位基因数(A)为4~11(平均值7.2),观测杂合度(HO)为0.160~1.000(平均值0.744),期望杂合度(HE)为0.346~0.875(平均值0.727)。所有位点均不偏离"Hardy-Weinberg"平衡(P>0.05),各位点间也无连锁不平衡现象。除了其中一个位点以外,所有位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5,其多态性较好。本次筛选的微卫星位点将有助于达氏鲟资源保护和群体遗传研究。
  • 【期刊】 利用RNA-seq技术分析棘腹蛙编码区微卫星特征

    刊名:四川动物 作者:姜玉松 ; 樊汶樵 ; 徐敬明 关键词:微卫星 ; 高通量测序 ; 棘腹蛙 机构:重庆文理学院林学与生命科学学院 ; 重庆文理学院林学与生命科学学院 ; 重庆珍稀濒危水产资源保护与开发研究中心 年份:2016
    摘要:棘腹蛙Paa boulengeri的遗传研究和基因组信息比较匮乏,致使可有效利用的分子标记非常有限。以棘腹蛙RNA-seq高通量测序数据为基础进行微卫星分子标记的大规模发掘和特征分析,结果显示:在121.6 Mb的棘腹蛙转录组序列中发现微卫星位点3165个,包含于3034条Contig序列中。在筛选到的1~6碱基重复核心的微卫星中,单碱基重复核心的比例最高,之后为三碱基、二碱基、四碱基、六碱基和五碱基重复核心,分别占29.0%、25.2%、21.7%、10.0%、10.0%和3.0%。其中A/T、AC/GT、AGG/CCT、ACAT/ATCT、AAAAT/ATTTT和AAAAAG/CTTTTT分别是单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基重复类型中对应的优势重复单元。棘腹蛙编码区微卫星多为重复长度小于24 bp的短序列,长度大于24 bp的微卫星仅占总数的0.92%。对编码区微卫星的侧翼序列分析发现,微卫星侧翼序列的GC含量显著低于转录组整体GC含量,且在含有微卫星上下游侧翼序列的Contig中,71.9%的序列可以设计特异引物扩增出含有微卫星序列的位点。研究结果为棘腹蛙的遗传研究和分子系统地理学研究提供了丰富的序列信息和标记资源。
  • 【期刊】 利用微卫星标记技术分析太湖鹅保种效果

    刊名:畜牧与兽医 作者:方倩倩 ; 刘雅丽 ; 李祥龙 ; 曾涛 ; 王姝妹 ; 卢立志 关键词:微卫星 ; 太湖鹅 ; 保种 机构:浙江省农业科学院畜牧兽医所 ; 浙江省农业科学院畜牧兽医所 ; 河北农业大学动物科技学院 ; 浙江省畜牧技术推广总站 ; 河北科技师范学院 ; 河北秦皇岛 ; 浙江省农业科学院畜牧兽医所 年份:2016
    摘要:本研究利用微卫星标记对太湖鹅两个世代群体10个微卫星位点进行遗传多样性鉴定,通过分析世代间遗传差异来检测小群保种效果.结果表明:太湖鹅2个世代的10个位点共检测到52个等位基因,0世代和1世代分别检测到49和51个等位基因;两个世代的10个微卫星位点的多态信息含量为0.1572~1.0000,两个世代平均多态信息含量分别为0.511 7,0.504 0:两个世代的期望杂合度和表观杂合度分别在0.172 8~0.800 7和0.1900~1.0000之间,平均值分别为0.5844,0.569 6和0.6500,0.627 0,这两个世代在等位基因、多态信息含量、杂合度上差异均不显著(P>0.05).2个世代相似性系数为0.9907,遗传距离0.0093,世代间的相似性系数极高,遗传距离极低.在10个微卫星位点中,0世代和1世代分别存在6个位点不平衡,哈代-温伯格平衡趋于下降趋势.近交增量为0.078%,近交系数达到2%需要的世代数为25.结果提示该保种场保种效果可行.
  • 【期刊】 6个野生与选育鲤群体的微卫星遗传分析

    刊名:南方水产科学 作者:董在杰 ; 刘念 ; 傅建军 ; 朱文彬 ; 王兰梅 ; 苏胜彦 关键词:微卫星 ; ; 群体 ; 选育 ; 遗传变异 机构:中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业部淡水渔业和种质资源利用重点实验室 ; 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业部淡水渔业和种质资源利用重点实验室 ; 上海海洋大学水产与生命学院 年份:2018
    摘要:利用12个微卫星标记对鲤(Cyprinus carpio)的4个野生群体[清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤(C.carpio haematopterus)和黑龙江鲤(C.carpio amurensis)]和2个选育群体[福瑞鲤(C.carpio var.FFRC)和松浦镜鲤(C.carpio var.specularis'Song-pu')]共208尾个体进行遗传分析。结果显示,12个位点共检测到341个等位基因,平均等位基因数为28.67,其中1个位点(HLJ1127)检测到正向选择压力;选育群体的遗传多样性参数普遍低于野生群体,其中松浦镜鲤群体的各项参数均值最低(Na=6.82,Ho=0.54,PIC=0.50),清水江鲤群体的各项参数均值最高(Na=21.25,Ho=0.80,PIC=0.91);分子方差分析显示,整体遗传变异主要来自群体内,但群体间呈极显著遗传分化(P<0.01);基于群体Nei's遗传距离的UPGMA聚类树和PCo A分析表明,鲤4个野生群体间遗传距离较近,而与2个人工选育群体间遗传距离较远;基于个体遗传结构及PCo A分析显示部分野生个体遗传结构比较混杂,而选育个体的遗传结构则相对单一。研究表明,中国鲤野生资源具有较高的遗传多态性,而人工选育群体维持着较纯的遗传种质。