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  • 【期刊】 植物DNA甲基化与基因表达的关联性研究进展

    刊名:生物技术通报 作者:赵倩 ; 王巍 ; 孙野青 关键词:基因表达 ; 植物 ; DNA甲基化 ; 胁迫环境 机构:大连海事大学环境科学与工程学院环境系统生物学研究所 ; 大连海事大学环境科学与工程学院环境系统生物学研究所 年份:2016
    摘要:DNA甲基化是真核生物基因组最重要的修饰方式之一。就植物DNA甲基化模式、建立、维持机制及其特征进行了综述,并且着重解释了植物DNA甲基化影响基因表达的机制。总结了在胁迫环境下单基因甲基化状态发生改变对于基因表达的影响,并对当前利用高通量测序技术分析植物全基因组范围内DNA甲基化与基因表达的关联分析研究进行综述。
  • 【期刊】 基于基因表达式编程的充填体强度预测模型

    刊名:有色金属:矿山部分 作者:史采星[1] 李永密[2] 郭利杰[1] 陈新[3] 杜向红[4] 关键词:基因表达式编程 充填体强度 充填试验 预测模型 BP神经网络 机构:北京矿冶研究总院 ; 北京矿冶研究总院 年份:2015
    摘要:为准确预测尾砂胶结充填体强度,建立了以孔隙率、粒级不均匀系数、曲率系数、充填料浆浓度、1/灰砂比、养护龄期6个因素作为输入因子,尾砂胶结充填体强度为输出因子的GEP充填体强度预测模型。以多个矿山室内充填物料配比试验数据为例,验证GEP预测模型的可行性。结果表明,GEP预测结果与实际值相对误差仅为5.13%。与BP神经网络模型的预测值进行对比,结果表明,GEP预测模型比BP神经网络模型预测结果(平均相对误差14.09%)更加精确,与实测值的拟合度更好。
  • 【期刊】 基于基因表达式编程的充填体强度预测模型

    刊名:《有色金属:矿山部分》 作者:史采星 ; 李永密 ; 郭利杰 ; 陈新 ; 杜向红 关键词:基因表达式编程 ; 充填体强度 ; 充填试验 ; 预测模型 ; BP神经网络 机构:北京矿冶研究总院 ; 北京矿冶研究总院 ; 国家安全生产监督管理总局 ; 中南大学资源与安全工程学院 ; 凡口铅锌矿 年份:2015
    摘要:为准确预测尾砂胶结充填体强度,建立了以孔隙率、粒级不均匀系数、曲率系数、充填料浆浓度、1/灰砂比、养护龄期6个因素作为输入因子,尾砂胶结充填体强度为输出因子的GEP充填体强度预测模型。以多个矿山室内充填物料配比试验数据为例,验证GEP预测模型的可行性。结果表明,GEP预测结果与实际值相对误差仅为5.13%。与BP神经网络模型的预测值进行对比,结果表明,GEP预测模型比BP神经网络模型预测结果(平均相对误差14.09%)更加精确,与实测值的拟合度更好。
  • 【期刊】 基于基因表达式编程的充填体强度预测模型

    刊名:有色金属:矿山部分 作者:史采星[1] 李永密[2] 郭利杰[1] 陈新[3] 杜向红[4] 关键词:基因表达式编程 充填体强度 充填试验 预测模型 BP神经网络 机构:北京矿冶研究总院 ; 北京矿冶研究总院 年份:2015
    摘要:为准确预测尾砂胶结充填体强度,建立了以孔隙率、粒级不均匀系数、曲率系数、充填料浆浓度、1/灰砂比、养护龄期6个因素作为输入因子,尾砂胶结充填体强度为输出因子的GEP充填体强度预测模型。以多个矿山室内充填物料配比试验数据为例,验证GEP预测模型的可行性。结果表明,GEP预测结果与实际值相对误差仅为5.13%。与BP神经网络模型的预测值进行对比,结果表明,GEP预测模型比BP神经网络模型预测结果(平均相对误差14.09%)更加精确,与实测值的拟合度更好。
  • 【期刊】 基于基因表达谱和生物网络识别肺癌敏感基因

    刊名:国际遗传学杂志 作者:陈传庚 段斌 廖高明 闻懿 常志强 关键词:差异共表达 差异表达 易感基因 机构:哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 ; 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 年份:2015
    摘要:目的解析肺癌敏感基因和基因问异常关系。方法通过比较肺癌样本和对照样本,寻找肺癌细胞中出现的差异表达的基因和差异共表达基因对,将差异表达基因映射到差异共表达网络中,运用网络中节点重要性的度、脆弱性、介数和接近中心性进行排序,筛选肺癌敏感基因。结果共挖掘得到15个具有重要作用的肺癌相关基因,其中有13个基因在肺癌表达谱中存在差异表达。另外,基因CCL19和TNFSF13B虽然不存在表达差异性,但是它们的微小改变能够直接影响着其他基因的显著改变。结论本文在差异表达和共表达研究基础上挖掘得到的新基因对于肺癌机制研究是重要的补充,而且发现了某些基因的微小改变可引起其他基因表达异常,这为进一步了解肺癌发生发展机制奠定了基础。
  • 【期刊】 基于基因表达谱和生物网络识别肺癌敏感基因

    刊名:国际遗传学杂志 作者:陈传庚 段斌 廖高明 闻懿 常志强 关键词:差异共表达 差异表达 易感基因 机构:哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 ; 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 年份:2015
    摘要:目的解析肺癌敏感基因和基因问异常关系。方法通过比较肺癌样本和对照样本,寻找肺癌细胞中出现的差异表达的基因和差异共表达基因对,将差异表达基因映射到差异共表达网络中,运用网络中节点重要性的度、脆弱性、介数和接近中心性进行排序,筛选肺癌敏感基因。结果共挖掘得到15个具有重要作用的肺癌相关基因,其中有13个基因在肺癌表达谱中存在差异表达。另外,基因CCL19和TNFSF13B虽然不存在表达差异性,但是它们的微小改变能够直接影响着其他基因的显著改变。结论本文在差异表达和共表达研究基础上挖掘得到的新基因对于肺癌机制研究是重要的补充,而且发现了某些基因的微小改变可引起其他基因表达异常,这为进一步了解肺癌发生发展机制奠定了基础。
  • 【期刊】 血瘀证差异基因表达谱的研究进展

    刊名:现代生物医学进展 作者:梁凌飞;翟小虎;李玉文;刘天龙;张一恺;尚沛津;文爱东; 关键词:基因组学;;差异基因表达谱;;血瘀证;;基因芯片技术 机构:空军军医大学西京医院药剂科 ; 空军军医大学西京医院药剂科 年份:2017
    摘要:中医学理论的"证"是中医通过观察病象和整体观思维来认识疾病的独特方式,是中医诊断治疗的基础。"证"在机体病症产生、发展、转化过程中是动态变化的。基因组学的不断发展提供了系统认识"证"本质的可能性。血瘀证是"证"的一大分类,其治疗思路和方法在现代临床心脑血管疾病治疗中应用较广,显示了中医治疗的独特效果。而辨证的不明确始终是对血瘀证认识和治疗的制约因素。利用最新的基因组学理论,特别是应用高通量的基因芯片技术筛选与之相关的关键基因群并以此构建差异基因的表达谱,使血瘀证有了客观科学的定性依据,能够正确诊断和施药治疗。本文就血瘀证的差异基因表达谱的研究进行系统的综述。
  • 【期刊】 松材线虫侵染对马尾松基因表达的影响

    刊名:森林与环境学报 作者:谢婉凤 ; 梁光红 ; 张飞萍 关键词:基因表达 ; 马尾松 ; 松材线虫 ; 侵染 ; 抗病防御 机构:福建农林大学金山学院 ; 福建农林大学金山学院 ; 福建农林大学林学院 年份:2018
    摘要:病菌侵害影响寄主植物抗性相关基因的表达水平及其系统抗性,松材线虫侵染马尾松后导致其最终枯萎死亡的过程也与基因表达变化有关。为研究该变化,本文检测了松材线虫侵染后的马尾松针叶中信号转导、防御、细胞代谢相关基因的表达情况。结果显示:松材线虫侵染致使马尾松针叶中多个基因表达下调,这些基因包括信号转导相关的钙结合蛋白、类受体蛋白激酶基因,抗病防御相关的烟碱酰胺合成酶、几丁质酶、脱水响应蛋白的编码基因,DNA复制相关的DNA/RNA聚合酶超家族蛋白的编码基因,以及细胞解毒作用相关的细胞色素P450单加氧酶超家族和细胞色素P450基因。由此可见,松材线虫侵染致使马尾松中的信号传递与抗病防御相关的基因表达受到抑制,破坏其系统抗性。
  • 【期刊】 火龙果转录组测序、基因表达与功能分析

    刊名:植物科学学报 作者:魏开发 ; 李艺宣 关键词:基因表达 ; 火龙果 ; 转录组测序 ; 生长 ; 花发育 机构:闽南师范大学生物科学与技术学院 ; 闽南师范大学生物科学与技术学院 年份:2019
    摘要:利用高通量测序技术对火龙果(HylocereusundulatusBritt)红肉品种‘大红二号’的花芽、果实和枝条不同发育阶段的基因表达进行研究.结果显示;转录组测序共获得468.68Gb原始数据(Rawdata);从头组装获得239152条转录本和162519条unigene;约53.74%的unigene得到注释.分别在43506条和16251条unigene中检测到600283个SNP位点和56147个SSR位点.基因表达分析结果表明;在火龙果不同组织FI510、FI513、FI514、FI518、F711、F715、S513、S419中分别有31、7、5、152、17、63、17、8个特异表达的unigene.通过GO和KEGG富集分析;发现了一些组织特异的GO条目和代谢通路;如在FI510中富集的类萜骨架生物合成代谢通路等.本研究还对参与花发育的候选基因进行了鉴定和表达分析;他们包括COL基因、FT-like基因、分生组织决定基因和器官决定基因等.
  • 【期刊】 基于RNA-Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析

    刊名:湖南农业大学学报(自然科学版) 作者:孙瑞萍 ; 魏立民 ; 王峰 ; 晁哲 ; 刘海隆 ; 郑心力 ; 刘圈炜 ; 黄丽丽 ; 邢漫萍 关键词:基因表达 ; 五指山猪 ; 基因结构 ; 可变剪接 ; 新转录本 机构:海南农业科学院畜牧兽医研究所 ; 海南农业科学院畜牧兽医研究所 ; 海南省热带动物繁育与疫病控制重点实验室 ; 海南农业科学院畜牧兽医研究所 年份:2018
    摘要:为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析.经过质量控制,分别得到65683578条(6月龄)和65464156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20102、25719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18206、18374个;朋6、8 月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28670、32940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6932个(6月龄)和7110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2785、2950个基因3'端发生了延伸,4147、4160个基因5'端发生了延伸;分别筛选出103250个(6月龄)和110545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多.
  • 【期刊】 聚乙烯亚胺促进腺病毒体外基因表达

    刊名:医药导报 作者:颜丹萍 ; 张洪 ; 马频 关键词:聚乙烯亚胺 ; 分子质量,相对 ; 腺病毒 ; 转导效率 机构:武汉大学人民医院药学部 ; 武汉大学人民医院药学部 年份:2017
    摘要:目的 筛选较合适相对分子质量的聚乙烯亚胺(PEI)用于提高腺病毒载体基因表达效率.方法 首先以物理吸附法使PEI与腺病毒相吸附,用噻唑蓝(MTT)法考察PEI-600、PEI-1 800、PEI-25 000复合腺病毒对细胞的毒性;利用体外A549细胞转导实验确定PEI-600、PEI-1 800和PEI-25 000复合腺病毒的最佳剂量比,并对复合物的Zeta电位和粒径分布进行考察分析.结果 MTT实验证明PEI相对分子质量越大,细胞毒性越大,其中PEI-25 000毒性最大;细胞转导试验中,PEI-1 800相对于PEI-600和PEI-25 000更显著促进腺病毒基因在A549细胞中的表达;Zeta电位测定结果显示PEI可以将腺病毒的表面负电荷转变为表面正电荷的粒子.结论 在3种聚合物/腺病毒的复合物中,细胞毒性与聚合物的相对分子质量和浓度呈正相关.相对分子质量越大,浓度越大则聚合物对细胞毒性越大.
  • 【专利】 一种基于基因表达数据的基因调控网络重构方法

    作者:唐振浩 ; 王宇 ; 曹生现 年份:2017
    摘要:本发明提供一种基于基因表达数据的基因调控网络重构方法,涉及生物信息学中基因调控网络重构技术领域。该方法包括:获得重构所需基因表达量数据;对数据进行归一化处理;对目标基因表达量预测建模;预测目标基因表达量;分析输入特征基因与目标基因调控关系;基因调控网络重构。本发明提供的一种基于基因表达数据的基因调控网络重构方法,能够根据基因表达数据实现高精度基因调控网络建模,使用差分进化算法优化的Elman神经网络预测基因的表达量,具有运算速度快,精度高的优点,另外,使用模拟数据能够解决数据量不足的问题,使最终所建立的基因调控网络具有良好的准确性,其适用范围广,可适用于不同的基因表达数据,具有良好可移植性。
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