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  • 【期刊】 基于基因表达式编程的充填体强度预测模型

    刊名:有色金属:矿山部分 作者:史采星[1] 李永密[2] 郭利杰[1] 陈新[3] 杜向红[4] 关键词:基因表达式编程 充填体强度 充填试验 预测模型 BP神经网络 机构:北京矿冶研究总院 ; 北京矿冶研究总院 年份:2015
    摘要:为准确预测尾砂胶结充填体强度,建立了以孔隙率、粒级不均匀系数、曲率系数、充填料浆浓度、1/灰砂比、养护龄期6个因素作为输入因子,尾砂胶结充填体强度为输出因子的GEP充填体强度预测模型。以多个矿山室内充填物料配比试验数据为例,验证GEP预测模型的可行性。结果表明,GEP预测结果与实际值相对误差仅为5.13%。与BP神经网络模型的预测值进行对比,结果表明,GEP预测模型比BP神经网络模型预测结果(平均相对误差14.09%)更加精确,与实测值的拟合度更好。
  • 【期刊】 基于基因表达式编程的充填体强度预测模型

    刊名:《有色金属:矿山部分》 作者:史采星 ; 李永密 ; 郭利杰 ; 陈新 ; 杜向红 关键词:基因表达式编程 ; 充填体强度 ; 充填试验 ; 预测模型 ; BP神经网络 机构:北京矿冶研究总院 ; 北京矿冶研究总院 ; 国家安全生产监督管理总局 ; 中南大学资源与安全工程学院 ; 凡口铅锌矿 年份:2015
    摘要:为准确预测尾砂胶结充填体强度,建立了以孔隙率、粒级不均匀系数、曲率系数、充填料浆浓度、1/灰砂比、养护龄期6个因素作为输入因子,尾砂胶结充填体强度为输出因子的GEP充填体强度预测模型。以多个矿山室内充填物料配比试验数据为例,验证GEP预测模型的可行性。结果表明,GEP预测结果与实际值相对误差仅为5.13%。与BP神经网络模型的预测值进行对比,结果表明,GEP预测模型比BP神经网络模型预测结果(平均相对误差14.09%)更加精确,与实测值的拟合度更好。
  • 【期刊】 基于基因表达式编程的充填体强度预测模型

    刊名:有色金属:矿山部分 作者:史采星[1] 李永密[2] 郭利杰[1] 陈新[3] 杜向红[4] 关键词:基因表达式编程 充填体强度 充填试验 预测模型 BP神经网络 机构:北京矿冶研究总院 ; 北京矿冶研究总院 年份:2015
    摘要:为准确预测尾砂胶结充填体强度,建立了以孔隙率、粒级不均匀系数、曲率系数、充填料浆浓度、1/灰砂比、养护龄期6个因素作为输入因子,尾砂胶结充填体强度为输出因子的GEP充填体强度预测模型。以多个矿山室内充填物料配比试验数据为例,验证GEP预测模型的可行性。结果表明,GEP预测结果与实际值相对误差仅为5.13%。与BP神经网络模型的预测值进行对比,结果表明,GEP预测模型比BP神经网络模型预测结果(平均相对误差14.09%)更加精确,与实测值的拟合度更好。
  • 【期刊】 基于基因表达谱和生物网络识别肺癌敏感基因

    刊名:国际遗传学杂志 作者:陈传庚 段斌 廖高明 闻懿 常志强 关键词:差异共表达 差异表达 易感基因 机构:哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 ; 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 年份:2015
    摘要:目的解析肺癌敏感基因和基因问异常关系。方法通过比较肺癌样本和对照样本,寻找肺癌细胞中出现的差异表达的基因和差异共表达基因对,将差异表达基因映射到差异共表达网络中,运用网络中节点重要性的度、脆弱性、介数和接近中心性进行排序,筛选肺癌敏感基因。结果共挖掘得到15个具有重要作用的肺癌相关基因,其中有13个基因在肺癌表达谱中存在差异表达。另外,基因CCL19和TNFSF13B虽然不存在表达差异性,但是它们的微小改变能够直接影响着其他基因的显著改变。结论本文在差异表达和共表达研究基础上挖掘得到的新基因对于肺癌机制研究是重要的补充,而且发现了某些基因的微小改变可引起其他基因表达异常,这为进一步了解肺癌发生发展机制奠定了基础。
  • 【期刊】 植物DNA甲基化与基因表达的关联性研究进展

    刊名:生物技术通报 作者:赵倩 ; 王巍 ; 孙野青 关键词:基因表达 ; 植物 ; DNA甲基化 ; 胁迫环境 机构:大连海事大学环境科学与工程学院环境系统生物学研究所 ; 大连海事大学环境科学与工程学院环境系统生物学研究所 年份:2016
    摘要:DNA甲基化是真核生物基因组最重要的修饰方式之一。就植物DNA甲基化模式、建立、维持机制及其特征进行了综述,并且着重解释了植物DNA甲基化影响基因表达的机制。总结了在胁迫环境下单基因甲基化状态发生改变对于基因表达的影响,并对当前利用高通量测序技术分析植物全基因组范围内DNA甲基化与基因表达的关联分析研究进行综述。
  • 【期刊】 基于基因表达谱和生物网络识别肺癌敏感基因

    刊名:国际遗传学杂志 作者:陈传庚 段斌 廖高明 闻懿 常志强 关键词:差异共表达 差异表达 易感基因 机构:哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 ; 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 年份:2015
    摘要:目的解析肺癌敏感基因和基因问异常关系。方法通过比较肺癌样本和对照样本,寻找肺癌细胞中出现的差异表达的基因和差异共表达基因对,将差异表达基因映射到差异共表达网络中,运用网络中节点重要性的度、脆弱性、介数和接近中心性进行排序,筛选肺癌敏感基因。结果共挖掘得到15个具有重要作用的肺癌相关基因,其中有13个基因在肺癌表达谱中存在差异表达。另外,基因CCL19和TNFSF13B虽然不存在表达差异性,但是它们的微小改变能够直接影响着其他基因的显著改变。结论本文在差异表达和共表达研究基础上挖掘得到的新基因对于肺癌机制研究是重要的补充,而且发现了某些基因的微小改变可引起其他基因表达异常,这为进一步了解肺癌发生发展机制奠定了基础。
  • 【期刊】 壬基酚对大鼠F1子代脑基因表达的影响

    刊名:激光杂志 作者:南楠 ; 詹平 关键词:基因表达 ; 壬基酚 ; 大鼠F1子代 ; 蛋白表达 机构:重庆医科大学公共卫生与管理学院劳动卫生与环境卫生教研室 ; 重庆医科大学公共卫生与管理学院劳动卫生与环境卫生教研室 年份:2014
    摘要:目的:研究壬基酚通过妊娠期暴露是否会影响F1子代的脑发育。方法:对SD孕鼠染毒NP,从妊娠第7天开始持续到产后第二天,分别提取NP组和对照组F1代2d龄大鼠的脑组织mRNA,表达基因芯片检测脑基因表达。用Q-PCR法验证F1雄性子代大脑泛素特异性蛋白酶8、ATP结合盒转运子和内磺肽蛋白这三个下调基因表达,然后用Western blotting法检测F1子代大脑泛素特异性蛋白酶8的蛋白表达。结果:ATP结合盒转运子(ATP-binding cassette,ABCA)、内璜肽蛋白(Endosulfine alph,Ensa)、泛素特异性蛋白酶8(Ubiquitin Specific Protease 8,USP8/UBPy)基因和蛋白表达下调。结论:NP可影响神经细胞的正常结构和信号转导功能,并提示可以干扰机体内分泌系统、脂质和能量代谢及一系列正常生理功能。
  • 【期刊】 肺腺癌患者驱动基因表达及生存分析

    刊名:《实用肿瘤杂志》 作者:陈雪琴 ; 杨邵瑜 ; 黄杰 ; 潘月龙 ; 马胜林 关键词:肺肿瘤 ; 腺癌 ; 基因 ; erb ; B-1 ; 突变 ; 基因融合 ; 无病生存 ; 聚合酶链反应 ; 预后 机构:杭州市第一人民医院肿瘤内科 ; 杭州市第一人民医院肿瘤内科 年份:2016
    摘要:目的检测晚期肺腺癌患者肿瘤组织中驱动基因表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)突变和棘皮动物微管样蛋白4-间变淋巴瘤激酶(echinoderm microtubule associated protein like 4-anaplasitic lymphoma kinase,EML4-ALK)融合状态,并分析其与生存的相关性。方法通过过扩增受阻突变系统(amplification refractory mutation system,ARMS)PCR方法检测74例晚期肺腺癌患者中EGFR基因突变状态,荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)方法检测ALK基因融合状态,分析EGFR基因突变率与性别、吸烟史的相关性,EGFR基因突变和ALK基因融合对生存的影响。结果肺腺癌患者中EGFR基因突变率分别为40.5%(30/74),ALK基因融合6.8%(5/74)。EGFR基因外显子18、19、20、21的突变率分别为1.4%(1/74)、20.3%(15/74)、1.4%(1/74)、17.6%(13/74),肺腺癌患者中女性EGFR基因突变高于男性(P=0.007),但未见与吸烟史有明显相关(P=0.099)。EGFR基因突变和ALK基因融合的患者接受靶向治疗后有明显的生存优势(P=0.007)。结论肺腺癌患者中EGFR基因19和21外显子存在较高的突变率,女性患者中尤为明显,针对驱动基因靶向治疗的患者有明显的生存优势。
  • 【期刊】 蓖麻DNA糖基化酶的序列与基因表达分析

    刊名:中国油料作物学报 作者:代梦媛 ; 敖涛 ; 徐伟 ; 刘爱忠 关键词:蓖麻 ; DNA糖基化酶 ; 脱甲基化 ; 表观调控 机构:中国科学院西双版纳热带植物园热带植物资源开放实验室 ; 中国科学院西双版纳热带植物园热带植物资源开放实验室 ; 中国科学院大学 ; 中国科学院昆明植物研究所 年份:2014
    摘要:为揭示DNA糖基化酶在调节蓖麻生长发育和影响基因印记过程中的分子机理,本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息学的方法结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析,鉴别蓖麻DNA糖基化酶氨基酸序列的结构特征、系统发生和表达形式。结果显示:三种DNA糖基化酶(DME、ROS和DML)氨基酸均为不稳定氨基酸,具有典型的与DNA结合和碱基切除修复有关的保守结构域;系统进化分析发现三种DNA糖基化酶在植物中同源性强,而且是独立演化的结果;在不同组织的表达上,蓖麻的DME和ROS基因具有相似的表达形式,即在根、茎和叶中不表达,在胚乳中表达最高,而DML在各个组织中都未检测到基因表达
  • 【期刊】 松材线虫侵染对马尾松基因表达的影响

    刊名:森林与环境学报 作者:谢婉凤 ; 梁光红 ; 张飞萍 关键词:基因表达 ; 马尾松 ; 松材线虫 ; 侵染 ; 抗病防御 机构:福建农林大学金山学院 ; 福建农林大学金山学院 ; 福建农林大学林学院 年份:2018
    摘要:病菌侵害影响寄主植物抗性相关基因的表达水平及其系统抗性,松材线虫侵染马尾松后导致其最终枯萎死亡的过程也与基因表达变化有关。为研究该变化,本文检测了松材线虫侵染后的马尾松针叶中信号转导、防御、细胞代谢相关基因的表达情况。结果显示:松材线虫侵染致使马尾松针叶中多个基因表达下调,这些基因包括信号转导相关的钙结合蛋白、类受体蛋白激酶基因,抗病防御相关的烟碱酰胺合成酶、几丁质酶、脱水响应蛋白的编码基因,DNA复制相关的DNA/RNA聚合酶超家族蛋白的编码基因,以及细胞解毒作用相关的细胞色素P450单加氧酶超家族和细胞色素P450基因。由此可见,松材线虫侵染致使马尾松中的信号传递与抗病防御相关的基因表达受到抑制,破坏其系统抗性。
  • 【期刊】 火龙果转录组测序、基因表达与功能分析

    刊名:植物科学学报 作者:魏开发 ; 李艺宣 关键词:基因表达 ; 火龙果 ; 转录组测序 ; 生长 ; 花发育 机构:闽南师范大学生物科学与技术学院 ; 闽南师范大学生物科学与技术学院 年份:2019
    摘要:利用高通量测序技术对火龙果(Hylocereus undulatus Britt)红肉品种‘大红二号’的花芽、果实和枝条不同发育阶段的基因表达进行研究。结果显示,转录组测序共获得468.68 Gb原始数据(Raw data),从头组装获得239 152条转录本和162 519条unigene,约53.74%的unigene得到注释。分别在43 506条和16 251条unigene中检测到600 283个SNP位点和56 147个SSR位点。基因表达分析结果表明,在火龙果不同组织Fl510、Fl513、Fl514、Fl518、F711、F715、S513、S419中分别有31、7、5、152、17、63、17、8个特异表达的unigene。通过GO和KEGG富集分析,发现了一些组织特异的GO条目和代谢通路,如在Fl510中富集的类萜骨架生物合成代谢通路等。本研究还对参与花发育的候选基因进行了鉴定和表达分析,他们包括COL基因、FT-like基因、分生组织决定基因和器官决定基因等。
  • 【专利】 一种基于基因表达数据的基因调控网络重构方法

    作者:唐振浩 ; 王宇 ; 曹生现 年份:2017
    摘要:本发明提供一种基于基因表达数据的基因调控网络重构方法,涉及生物信息学中基因调控网络重构技术领域。该方法包括:获得重构所需基因表达量数据;对数据进行归一化处理;对目标基因表达量预测建模;预测目标基因表达量;分析输入特征基因与目标基因调控关系;基因调控网络重构。本发明提供的一种基于基因表达数据的基因调控网络重构方法,能够根据基因表达数据实现高精度基因调控网络建模,使用差分进化算法优化的Elman神经网络预测基因的表达量,具有运算速度快,精度高的优点,另外,使用模拟数据能够解决数据量不足的问题,使最终所建立的基因调控网络具有良好的准确性,其适用范围广,可适用于不同的基因表达数据,具有良好可移植性。
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