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  • 【期刊】 苦荞糖基转移酶的鉴定与基因克隆

    刊名:农业与技术 作者:赵丹 关键词:苦荞 ; 糖基转移酶 ; 生物信息 ; 克隆 机构:山西农业大学信息学院 ; 山西农业大学信息学院 年份:2016
    摘要:糖基转移酶除了决定糖苷键的形成,还可参与激素调节和信号转导来影响植物的生命活动,如参与黄酮类化合物的代谢。本文通过生物信息学手段,分析鉴定出苦荞的糖基转移酶,并进行基因克隆,为进一步研究糖基转移酶在黄酮代谢中的作用打下理论基础。
  • 【期刊】 铁线蕨中氧甲基转移酶基因克隆与功能鉴定

    刊名:山东大学学报(医学版) 作者:倪荣 ; 张晓双 ; 程爱霞 关键词:基因克隆 ; 铁线蕨 ; 黄酮类化合物 ; 氧甲基转移酶 ; 功能鉴定 机构:山东大学药学院天然产物化学生物学教育部重点实验室 ; 山东大学药学院天然产物化学生物学教育部重点实验室 年份:2019
    摘要:目的克隆并鉴定铁线蕨中参与黄酮及苯丙类化合物生物合成的氧甲基转移酶(OMTs)。方法以铁线蕨的叶片总RNA为模板,采用RT-PCR技术,从中获得两个OMTs cDNA全长,分别命名为AcOMT1和AcOMT2,并将其构建到蛋白表达载体pET32a中,在大肠杆菌BL21中进行蛋白表达,利用镍离子亲和层析柱纯化重组蛋白。在合适的反应条件下进行体外酶活分析。利用Swiss-model在线服务器分别生成AcOMT1和AcOMT2三维同源模型,通过PyMOL软件预测影响蛋白活性的关键氨基酸位点。利用MEGA v5.1和DNAMAN 7.0.2软件分别进行系统发育进化树分析和氨基酸多序列比对。结果从铁线蕨的转录组测序数据库中筛选并克隆得到两个OMTs,序列比对与进化树分析结果表明它们均属于Ⅰ型OMTs。酶活结果显示AcOMT1和AcOMT2均可催化多种底物,催化特点相似,其最适底物均为槲皮素。结论从铁线蕨中克隆并鉴定了两个OMT基因,对阐明蕨类植物中黄酮类化合物的甲基化修饰具有一定的理论指导意义。
  • 【期刊】 大头金蝇β-actin基因克隆与多克隆抗体制备

    刊名:环境昆虫学报 作者:张敏 ; 张古忍 关键词:基因克隆 ; 大头金蝇 ; Β-ACTIN ; 抗原多肽 ; Western ; BLOT 机构:[1]南华大学生物化学与分子生物学教研室 ; [1]南华大学生物化学与分子生物学教研室 ; [2]中山大学有害生物控制与资源利用国家重点实验室 年份:2018
    摘要:为深入研究大头金蝇Chrysomya megacephala(Fabricius)关键功能基因的表达调控,运用RT-PCR和RACE技术,克隆获得大头金蝇β-actin基因cDNA全长序列(GenBank登录号为KC207081),并对其进行生物信息学分析。大头金蝇β-actin基因cDNA全长1 355 bp,其中开放阅读框(ORF)为1 131 bp,编码376个氨基酸,5'UTR长度为87 bp,3'UTR约为110 bp。ORF编码的蛋白质分子量为41.8 D,等电点5.286,氨基酸序列与其他昆虫β-actin一致性高达97%-99%,且含有由6个β-actin蛋白家族特有的保守模式(motif)所构成的指纹。根据对β-actin氨基酸序列的亲水性、抗原性和表面可及性分析预测,设计并合成β-actin抗原多肽(CysGPYARVKRHQKGLKT),免疫新西兰兔获得多克隆抗体,其效价远高于1∶64 000。采用Western Blot技术检测大头金蝇各发育阶段的β-actin蛋白表达,结果表明β-actin表达恒定。本文的研究结果为大头金蝇功能基因的深入研究提供了坚实的基础。
  • 【期刊】 苦荞蔗糖合酶基因克隆及序列分析

    刊名:西北农业学报 作者:燕雪芬 ; 李玉萍 ; 张海纳 ; 陈鹏 关键词:基因克隆 ; 苦荞 ; 蔗糖合酶 ; 生物信息学分析 机构:西北农林科技大学生命学院 ; 西北农林科技大学生命学院 年份:2015
    摘要:以苦荞基因组DNA为模板,根据已构建的苦荞cDNA文库中蔗糖合酶(Sucrose synthase,SuSy)的部分cDNA序列设计引物,PCR扩增SuSy基因的核心片段,结合Genomic walking技术获得SuSy基因的完整序列。生物信息学分析表明,该基因序列全长4 428bp,含有12个外显子和11个内含子,剪接位点均符合经典GU-AG法则,ORF长度为2 412bp,共编码803个氨基酸。其氨基酸序列与籽粒苋(Amaranthus hypochondriacus)、甜菜(Beta vulgaris)、红叶藜(Chenopodium rubrum L)和大豆(Glycine max)的相似性分别为86%、86%、85%和83%。保守结构域分析表明,SuSy含有1个GT1糖基化酶功能结构域(275~760)和4个ADP结合位点,能够催化果糖-6-磷酸和尿苷-5′-二磷酸葡萄糖形成蔗糖-6-磷酸。
  • 【期刊】 梭梭糖基转移酶基因克隆及序列分析

    刊名:西北农业学报 作者:甘晓燕 ; 吴明朝 ; 巩檑 ; 石磊 ; 宋玉霞 关键词:梭梭 ; 糖基转移酶基因 ; 克隆 机构:宁夏农业生物技术重点实验室 ; 宁夏农业生物技术重点实验室 年份:2014
    摘要:以梭梭叶片为材料,根据其他植物糖基转移酶基因的保守序列设计引物,采用同源基因克隆及RACE-PCR方法克隆到2个同源的序列,分别命名为HaUGT1和HaUGT2。基因测序结果显示,HaUGT1基因编码区长1 485bp,编码495个氨基酸;HaUGT2基因编码区长1 185bp,编码394个氨基酸。HaUGT1和HaUGT2蛋白具有保守的PSPG基序、UDP-葡萄糖基转移酶结构域,与其他植物中的糖基转移酶蛋白同源性较高。
  • 【期刊】 当归咖啡酸-O-甲基转移酶基因克隆和序列分析

    刊名:中草药 作者:雒军 ; 王引权 ; 温随超 ; 夏琦 ; 荔淑楠 ; 王振恒 关键词:基因克隆 ; 当归 ; 咖啡酸-O-甲基转移酶 ; 生物信息学分析 ; 信号肽 机构:甘肃中医药大学 ; 甘肃中医药大学 年份:2016
    摘要:目的克隆当归Angelica sinensis咖啡酸-O-甲基转移酶(caffeic acid O-methyltransferases,COMT)编码基因全长c DNA,并对序列进行生物信息学分析。方法提取当归叶片总RNA为c DNA合成模板,利用同源克隆结合c DNA末端快速扩增(RACE)技术克隆当归COMT全长c DNA,并利用NCBI、Ex PASy网站上的Blast N、Blast P、ORF Finder、Compute PI/Mw、Prot Scale、PROSITE、SWISS-MODEL等序列在线分析工具和MEGA、DNAMAN生物信息学软件对序列进行分析。结果获得COMT全长c DNA序列,并在Gen Bank注册(登录号KP188587)。序列分析表明,克隆的c DNA全长为1 436 bp,其中包括5’-UTR(76 bp)和3’-UTR(362 bp),含有1个1 098 bp的完整开放阅读框(opening reading frame,ORF),编码365个氨基酸的多肽链;预测蛋白质相对分子质量为40 230,理论等电点(p I)为5.43;无信号肽,具有典型的II型氧甲基转移酶结构域SAM_OMT_II。结论首次克隆当归COMT基因全长c DNA,为当归COMT基因功能研究和当归阿魏酸生物合成与调控的机制研究奠定基础。
  • 【期刊】 樟叶越桔糖基转移酶VdUGT1基因克隆及序列分析

    刊名:中南林业科技大学学报 作者:宋健 ; 熊宏 ; 朱东阳 ; 赵平 ; 杜维 ; 刘小烛 ; 丁勇 关键词:基因克隆 ; 樟叶越桔 ; 尿嘧啶核苷二磷酸糖基转移酶 ; RACE ; 序列分析 机构:西南林业大学生命科学学院 ; 西南林业大学生命科学学院 ; 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室 年份:2015
    摘要:根据樟叶越桔Vaccinium dunalianum叶芽转录组测序实验获得的糖基转移酶Vd UGT1基因部分c DNA序列设计引物,采用RACE-PCR技术克隆了全长1 620 bp c DNA序列的Vd UGT1基因,包括1 398 bp c DNA序列的完整开放阅读框,推测编码由465个氨基酸残基组成、相对分子质量为50.89 k D的糖基转移酶Vd UGT1。序列分析表明,Vd UGT1理论等电点为5.53,负电荷残基(Asp+Glu)总数为53个,正电荷残基(Arg+Lys)总数为41个,不稳定系数为48.38,属于不稳定蛋白;其二级结构的主要构件为α-螺旋和随机卷曲,无跨膜结构域,属于亲水性蛋白质。Vd UGT1位于C末端含有尿嘧啶核苷二磷酸糖基转移酶所特有UDPGT功能域,推测与尿嘧啶核苷二磷酸糖的结合有关。该研究为后期Vd UGT1的异源表达和功能研究奠定了基础。
  • 【期刊】 樟叶越桔糖基转移酶 VdUGT1 基因克隆及序列分析

    刊名:《中南林业科技大学学报》 作者:宋健 ; 熊宏 ; 朱东阳 ; 赵平 ; 杜维 ; 刘小烛 ; 丁勇 关键词:基因克隆 ; 樟叶越桔 ; 尿嘧啶核苷二磷酸糖基转移酶 ; RACE ; 序列分析 机构:西南林业大学生命科学学院 ; 西南林业大学生命科学学院 ; 西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室 年份:2015
    摘要:根据樟叶越桔 Vaccinium dunalianum 叶芽转录组测序实验获得的糖基转移酶 VdUGT1 基因部分 cDNA序列设计引物,采用 RACE-PCR 技术克隆了全长 1 620 bp cDNA 序列的 VdUGT1 基因,包括 1 398 bp cDNA 序列的完整开放阅读框,推测编码由 465 个氨基酸残基组成、相对分子质量为 50.89 kD 的糖基转移酶 VdUGT1。序列分析表明,VdUGT1 理论等电点为 5.53,负电荷残基(Asp+Glu)总数为 53 个,正电荷残基 (Arg+Lys) 总数为41个,不稳定系数为48.38,属于不稳定蛋白;其二级结构的主要构件为α-螺旋和随机卷曲,无跨膜结构域,属于亲水性蛋白质。VdUGT1 位于 C 末端含有尿嘧啶核苷二磷酸糖基转移酶所特有 UDPGT 功能域,推测与尿嘧啶核苷二磷酸糖的结合有关。该研究为后期 VdUGT1 的异源表达和功能研究奠定了基础。
  • 【期刊】 三角褐指藻crtiso基因克隆与表达调控研究

    刊名:核农学报 作者:管悦琳 ; 龚一富 ; 朱帅旗 ; 俞凯 ; 王何瑜 ; 严小军 关键词:基因克隆 ; 三角褐指藻 ; 类胡萝卜素异构酶 ; 岩藻黄素 ; 表达分析 年份:2018
    摘要:为探索三角褐指藻岩藻黄素的生物合成与crtiso基因表达调控的关系,本研究通过转录组测序获得了三角褐指藻crtiso基因cDNA全长序列,并研究了乙酰水杨酸(ASA)、花生四烯酸(AA)、甲基茉莉酸(MeJA)和硫酸铈铵(ACS)4种诱导子不同浓度处理对三角褐指藻crtiso基因表达的影响。结果表明,三角褐指藻crtiso cDNA全长2 116 bp,开放阅读框(ORF)1 902 bp,编码635个氨基酸。crtiso蛋白为亲水性不稳定蛋白,相对分子质量67 803.00 Mr,理论等电点7.14,蛋白质二级结构中的主要构成元件是α螺旋、β折叠和无规则卷曲,并存在保守区域和结构域。系统进化树分析表明,三角褐指藻crtiso蛋白与海虹束毛藻亲缘关系较近。诱导子表达结果表明,ASA、AA、MeJA和ACS均能显著提高三角褐指藻crtiso基因的表达水平,当ASA、AA、MeJA和ACS质量浓度分别为10 mg·L~(-1)、0.1 mg·L~(-1)、50μmol·L~(-1)和0.2 mg·L~(-1)时,三角褐指藻crtiso基因表达量最高。相关性分析表明,三角褐指藻crtiso基因表达量与岩藻黄素含量呈线性关系,表明三角褐指藻岩藻黄素的生物合成是通过调控crtiso基因的表达来实现的,本试验结果为进一步研究岩藻黄素的合成代谢提供了重要的依据。
  • 【期刊】 甘蓝型油菜BnEOD3基因克隆与比较测序分析

    刊名:西南农业学报 作者:俎峰 ; 李霞 ; 何晓莹 ; 张国建 ; 张建昆 ; 董云松 ; 王敬乔 ; 束正齐 ; 陈苇 关键词:基因克隆 ; 油菜 ; 大籽粒 ; 比较测序 ; EOD3基因 机构:云南省农业科学院经济作物研究所 ; 云南省农业科学院经济作物研究所 ; 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所 ; 云南省农业职业技术学院 年份:2019
    摘要:【目的】克隆拟南芥籽粒大小发育母体效应基因EOD3在甘蓝型油菜籽粒中表达的同源基因拷贝,并在大、小籽粒材料间开展序列比较分析。【方法】以1份大籽粒与1份小籽粒种质发育中的籽粒为研究材料,利用RT-PCR克隆发育中籽粒表达的BnEOD3基因拷贝,结合生物信息学手段在大、小籽粒材料间进行差异比较分析。【结果】生物信息学分析发现BnEOD3基因在甘蓝型油菜中有4个同源拷贝(BnaC04g00760D,BnaA05g01200D,BnaC04g50960D,BnaA04g27100D)。其中BnaA04g27100D在大、小籽粒材料发育籽粒中均有表达,且在第114碱基处存在SNP变异(大籽粒为C,小籽粒为G),BnaC04g50960D则仅在小籽粒材料中检测到表达,BnaC04g00760D与BnaA05g01200D基因则在大、小籽粒中均未检测到表达。【结论】BnEOD3基因仅有2个拷贝(BnaA04g27100D和BnaC04g50960D)在发育籽粒中检测到表达,其中BnaA04g27100D在第114碱基处的SNP变异导致氨基酸序列甘氨酸(G)与丙氨酸(A)的氨基酸的差异,可能与大、小籽粒性状有关。
  • 【期刊】 掌叶半夏凝集素基因克隆及原核表达

    刊名:华北农学报 作者:王洪乐 ; 齐连芬 ; 杨超沙 ; 吴志明 ; 李亚栋 关键词:掌叶半夏 ; 凝集素 ; 载体构建 ; 原核表达 机构:[1]河北省农林科学院经济作物研究所 ; [1]河北省农林科学院经济作物研究所 ; [2]承德市农林科学院 ; [3]石家庄市农林科学研究院 年份:2018
    摘要:为了获得新的掌叶半夏凝集素家族基因,以掌叶半夏叶片为材料,根据GenBank中已报道的天南星科凝集素基因序列设计引物,PCR法扩增获得3个掌叶半夏凝集素基因,分别暂命名为PPA15、PPA324、PPA533。其中,PPA15的全长为729 bp,编码243个氨基酸;PPA324的全长为774 bp,编码258个氨基酸;PPA533的全长为777 bp,编码259个氨基酸。利用分析软件和网站等工具对克隆的3个基因进行生物信息学分析,结果显示,PPAs与GenBank中收录的天南星科半夏基因具有较高同源性,同时具有单子叶植物特有的甘露糖结合位点,推测它们属于同一基因家族。克隆的3个基因均具有信号肽特征,由N端25个氨基酸残基组成,具有典型的跨膜结构域,推测定位于胞内膜结构。构建pET-28b(+)-PPAs原核表达载体,利用大肠杆菌BL21(DE3)进行原核诱导表达,SDS-PAGE结果表明,重组蛋白分子量约28.0 ku,与预期一致。试验结果为进一步研究掌叶半夏凝集素家族蛋白的功能奠定了基础。
  • 【期刊】 黑尾叶蝉NcPGRP基因克隆及表达模式分析

    刊名:中国生物防治学报 作者:黄天宇 ; 方琦 ; 王桂荣 ; 林克剑 ; 叶恭银 关键词:黑尾叶蝉 ; 肽聚糖识别蛋白 ; 水稻普通矮缩病毒 ; 表达模式 ; 免疫 年份:2017
    摘要:为明确黑尾叶蝉肽聚糖识别蛋白(Nephotettix cincticeps peptidoglycan recognition protein,Nc PGRP)的功能,利用RT-PCR克隆长度为552 bp的Nc PGRP开放阅读框,其编码蛋白大小为19.9 k D,无信号肽,含3个锌离子结合/酰胺酶催化位点,1个二氨基庚二酸型(Dap型)肽聚糖识别位点。系统发育分析表明,Nc PGRP与其他昆虫亲缘关系较远。利用显微注射技术对黑尾叶蝉进行病原细菌诱导,定量PCR结果显示Nc PGRP在受大肠杆菌及藤黄微球菌刺激后,其转录水平显著上调。组织分布研究表明,Nc PGRP的m RNA在各组织中均有表达,且头部表达量最高。黑尾叶蝉取食感染水稻普通矮缩病毒RDV的水稻后,Nc PGRP转录水平受抑制。本文研究表明,Nc PGRP是一种诱导型表达的PGRP,黑尾叶蝉感染RDV能显著抑制其转录,进而削弱黑尾叶蝉免疫能力,这可能有利于RDV与黑尾叶蝉共生。
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