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  • 【期刊】 花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发

    刊名:西北农林科技大学学报(自然科学版) 作者:林珲 ; 李永平 ; 薛珠政 ; 陈敏氡 ; 朱海生 ; 温庆放 关键词:分子标记 ; 花椰菜 ; 简单重复序列 ; 转录组 ; 多态性 ; 基因位点分析 机构:福建省农业科学院作物研究所 ; 福建省农业科学院作物研究所 ; 福建省农业科学院蔬菜研究中心 ; 福建省蔬菜工程技术研究中心 年份:2019
    摘要:【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。
  • 【期刊】 一种囊状幼虫病毒分子标记的克隆

    刊名:中国蜂业 作者:熊翠玲 ; 林跃文 ; 梁勤 ; 郑燕珍 ; 徐细建 ; 张曌南 ; 黄枳腱 ; 郭睿 ; 陈大福 关键词:分子标记 ; 囊状幼虫病毒 ; 克隆 机构:福建农林大学蜂学学院 ; 福建农林大学蜂学学院 ; 龙田跃文蜂业专业合作社 年份:2016
    摘要:蜜蜂囊状幼虫病是由囊状幼虫病毒(Sacbrood virus,SBV)侵染蜜蜂幼虫而导致的一种致死性病毒病.本研究根据GeneBank上SBV多个毒株的基因组信息设计合成一对特异性引物,从出现囊状幼虫病典型症状的中蜂幼虫中扩增出一个大小约为106 bp的特异性SBV106片段,进而将其克隆进pGEM-T载体,经蓝白斑筛选出阳性质粒,EcoRⅠ酶切可得约106 bp大小的目的片段,阳性质粒原菌液测序结果显示该片段与SBV全序列(收录号:AF092924)的相似度达100%,证明该序列为SBV特有序列.上述结果表明SBV 106片段可作为检测蜜蜂囊状幼虫病的分子标记,应用于养蜂生产.
  • 【期刊】 大豆油分相关分子标记的实用性分析与验证

    刊名:作物杂志 作者:任海红 ; 刘学义 ; 朱保葛 ; 林汉明 关键词:分子标记 ; 大豆 ; 油分 ; 实用性 机构:山西省农业科学院经济作物研究所 ; 山西省农业科学院经济作物研究所 ; 中国科学院遗传与发育生物学研究所 ; 香港中文大学生命科学学院 年份:2015
    摘要:2013年从各地收集到不同生态类型高油大豆品种37份、低油大豆品种11份,以此为材料对已经定位的19对SSR分子标记进行实用性验证研究,进而筛选实用分子标记和带有重要标记的育种材料,寻求分子标记辅助育种技术突破。参试样品DNA经PCR扩增和9%聚丙烯酰胺凝胶电泳,然后统计每个SSR位点带型,最后采用SPSS软件作方差分析。结果选出2个与高油相关的实用性标记,分别为Satt162和GNE165,Satt162是最理想的高油分子辅助育种可实用标记。可以被1个或2个标记检出的高油材料有35份(高油材料共37份),检出率高达94.6%。该试验结果表明Satt162和GNE165联合检测可以应用于分子标记辅助育种高油育种实践。
  • 【期刊】 糯玉米waxy基因序列特征分析及分子标记开发

    刊名:分子植物育种 作者:徐春艳 ; 陈亭亭 ; 李松 ; 崔德周 ; 李鹏 ; 宁丽华 ; 李德涛 ; 王莉雯 ; 刘旭 ; 姜川 ; 马侠 ; 张华 ; 陈化榜 关键词:分子标记 ; 糯玉米 ; waxy ; 启动子 ; 编码区 ; GBSSⅠ 机构:山东农业大学农学院作物生物学国家重点实验室 ; 山东农业大学农学院作物生物学国家重点实验室 ; 中国科学院遗传与发育生物学研究所植物细胞与染色体工程国家重点实验室 年份:2015
    摘要:淀粉是人类的主要食物来源之一,也是化学工业的重要原料。玉米淀粉包含直链淀粉和支链淀粉,其合成是一个复杂的生化过程。开展高直链淀粉及糯玉米育种研究无论从应用前景还是经济效益方面都具有很高的研究意义。本研究对3份糯玉米材料进行了waxy基因启动子和编码区的克隆与序列比对分析,以及糯玉米GBSSⅠ的纯化与分析,结果发现3个糯玉米自交系waxy基因的启动子均发生变异,但只有一处为共同的变异且位于预测的调控因子结合位点。通过纯化糯玉米胚乳淀粉体中的结合蛋白发现waxy基因的编码蛋白GBSSⅠ第155个氨基酸由Asp突变为Gly之后减弱了与淀粉的结合力度。一般鉴别糯玉米的方法的鉴别时期在收获后,而根据基因测序结果开发的分子标记能有效鉴别糯玉米与普通玉米,应用连锁分子标记可以在苗期对糯玉米进行鉴别,用于回交转育过程中大大缩短了育种年限,将自交-回交交替进行变为连续回交,加速糯玉米品种选育进程。研究结果可为阐明玉米糯质表型的形成提供理论参考,同时可根据基因序列开发的分子标记能有效且快速的鉴别糯玉米与普通玉米,为生产提供指导。
  • 【期刊】 榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发

    刊名:果树学报 作者:张敏 ; 周彩红 ; 陈焘 ; 戴文圣 ; 张迟 关键词:榧树 ; 转录组 ; SSR 机构:浙江农林大学 ; 浙江农林大学 ; 省部共建亚热带森林培育国家重点实验室 ; 景宁嘉树农业科技开发有限公司 年份:2017
    摘要:【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。
  • 【期刊】 莲雾转录组SSR信息分析及其分子标记开发

    刊名:园艺学报 作者:魏秀清 ; 许玲 ; 章希娟 ; 余东 ; 陈志峰 ; 张丽梅 ; 陈长忠 ; 许家辉 关键词:莲雾 ; 转录组 ; SSR ; 多态性 机构:福建省农业科学院果树研究所 ; 福建省农业科学院果树研究所 年份:2018
    摘要:对莲雾[Syzygium samarangense(Bl.)Merr.et Perry]开展转录组测序分析,共获得87 538条Unigene。利用MISA软件搜索1 kb以上的21 153条Unigene,共检测出11 641个SSR位点,分布于8 115条Unigene中,出现频率为55.03%,平均分布距离为4.08 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的43.44%、30.98%和24.38%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的26.99%,三核苷酸重复基元以CCG/CGG为主。利用Primer 3.0共设计出25 734对SSR引物。从94对有效扩增引物中随机选择35对引物,对30个莲雾种质进行多态性验证分析,其中25对(占71.43%)引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图,将30份供试材料分为2类。利用莲雾转录组数据进行SSR标记开发能获得较高频率的SSR位点,且类型丰富,可为莲雾遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。
  • 【期刊】 洋葱CMS-T型育性分子标记的筛选与鉴定

    刊名:西北农业学报 作者:潘美红 ; 杨海峰 ; 惠林冲 ; 薛萍 ; 张新圣 ; 缪美华 ; 陈振泰 关键词:分子标记 ; 洋葱 ; 细胞质雄性不育系(CMS) ; Ms 机构:连云港市农业科学院 ; 连云港市农业科学院 年份:2018
    摘要:为筛选便于鉴定洋葱细胞质雄性不育类型及育性相关基因型的分子标记,采用cob(s)、cob(n)、orfA501、Cpp1和orf725共5个与CMS相关分子标记,jnurf13、AcSKP1、DNF-566、RNS-357、OPT和PsaO共6个与育性Ms位点相关分子标记分别对洋葱CMS类型和育性基因型筛选与鉴定。在洋葱不育类型分子标记鉴定中,Cpp1标记不适合本材料CMS分类,cob(s)、cob(n)和orfA501 3个标记联合鉴定洋葱CMS-T类型,筛选出orf725标记适合区分不育株及其不育类型;在34份洋葱育性相关基因型鉴定中,DNF-566、RNS-357、OPT和PsaO4个标记鉴定结果与表型不一致,筛选出jnurf13和AcSKP1 2个分子标记能够鉴定洋葱保持系基因型msms、不育系基因型msms、育性恢复基因型MsMs及杂合子(Msms)。结果表明洋葱CMS-T材料由单核基因Ms位点控制,并且首次报道AcSKP1标记用于CMS-T材料验证,但AcSKP1标记采用混合PCR,鉴定成本相对较高。所以,orf725和jnurf13标记适合田间筛选洋葱不育株类型和育性相关基因型。
  • 【期刊】 天麻基因组微卫星特征分析与分子标记开发

    刊名:西北植物学报 作者:周天华 ; 丁家玺 ; 田伟 ; 王家 关键词:天麻 ; 微卫星 ; 分子标记开发 机构:陕西理工大学生物科学与工程学院 ; 陕西理工大学生物科学与工程学院 年份:2017
    摘要:该研究基于第二代测序技术建立了天麻的基因文库,筛选微卫星序列,并对微卫星位点的类型、丰度、长度、偏好性等进行了分析与比较;并为60条重复次数高的微卫星序列设计了引物,运用4个种群80个样本进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测.结果表明:(1)天麻基因组测序得到61 048条基因序列,检测出微卫星位点12 107个,其中二核苷酸重复最多、长度变异大.(2)设计的60对微卫星引物中的20对能扩增出清晰条带且有多态性,每个位点的复等位基因数(Na)在4~14之间,平均为8.40;多态性信息含量(PIC)平均为0.77.该研究开发的天麻微卫星分子标记为开展天麻遗传学研究及种质资源鉴定等工作奠定了基础.
  • 【期刊】 黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发

    刊名:浙江农林大学学报 作者:尹跃 ; 安巍 ; 赵建华 ; 王亚军 ; 樊云芳 ; 曹有龙 关键词:林木育种学 ; 黑果枸杞 ; 转录组 ; 简单重复序列(SSR) 机构:宁夏农林科学院国家枸杞工程技术研究中心 ; 宁夏农林科学院国家枸杞工程技术研究中心 年份:2019
    摘要:分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%, 13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5~33次,其中出现频率最高的基序为A/T, AG/CT, AT/AT, C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对(57.8%)得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432, 0.439, 0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。
  • 【期刊】 丝瓜转录组SSR位点分析及其分子标记开发

    刊名:中国细胞生物学学报 作者:朱海生 张前荣 刘建汀 陈敏氡 王彬 薛珠政 李大忠 温庆放 关键词:丝瓜 简单重复序列 转录组 多态性 机构:福建省农业科学院作物研究所 ; 福建省农业科学院作物研究所 ; 福建省农业科学院蔬菜研究中心 ; 福建省蔬菜工程技术研究中心 年份:2016
    摘要:对丝瓜(Luffa cylindrica)开展转录组测序分析,共获得58 073条unigene(序列总长约52 087 451 bp),共检测到8 693个SSR(simple sequence repeat)位点,平均分布距离为5.99 Kb;其中,SSR位点中主导类型为二核苷酸重复类型,占总SSR的45.89%;其次,三核苷酸重复类型,占38.89%。二核苷酸重复基序中以AG/CT为主,三核苷酸重复基序以AAG/CTT为主。通过Primer 3.0设计得到7 563对SSR引物,随机选择30对SSR引物,对32种不同来源的丝瓜进行多态性验证分析,其中,22对(占73.33%)引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图,将32份供试材料分为普通丝瓜和有棱丝瓜2类,这2类丝瓜可以进一步分别被分为2个亚群,丝瓜类群的划分与有无棱沟密切相关,与形状、颜色有较高的相关性。通过对丝瓜转录组分析可获得较高频率的SSR位点且类型丰富,为丝瓜遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。
  • 【期刊】 用于羊草基因分型的SNP分子标记技术研究

    刊名:草业学报 作者:侯莉娟 ; 齐晓 ; 齐冬梅 ; 陈双燕 ; 刘公社 关键词:羊草 ; 转录组 ; SNP标记 ; HRM基因分型 ; 指纹图谱 机构:中国科学院植物研究所北方资源植物重点实验室 ; 中国科学院植物研究所北方资源植物重点实验室 ; 中国农业科学院草原研究所 ; 全国畜牧总站 年份:2016
    摘要:以我国广泛分布的多年生优势禾本科牧草羊草为研究材料,针对羊草目前尚无SNP标记技术的报道,基于实验室已有的转录组数据,挖掘其中的SNP分子标记,建立一种利用高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)进行羊草SNP基因分型的方法。结果表明,从羊草转录组数据中获得41843个SNPs,转换的数量是颠换数量的2倍;建立了基于SNP的HRM基因分型方法,设计了112对SNP引物,其中有98对(87.5%)能扩增出明亮单一条带,扩增条带大小符合预期的有72对(64.29%),适宜进行HRM基因分型的引物有46对,占41.07%;用其中的7对引物可将羊草48份种质区分开,并绘制出指纹图谱。通过对部分HRM基因分型结果进行测序验证,表明测序分析的基因型结果与HRM基因分型结果一致,证明HRM基因分型结果是可靠的。本研究首次建立的基于SNP的HRM基因分型方法,可用于羊草种质资源的指纹图谱绘制、育种亲本的选配、基因关联分析、分子标记辅助育种、功能分子标记开发、新品种的保护等育种工作。
  • 【期刊】 节瓜抗枯萎病基因的分子标记研究

    刊名:基因组学与应用生物学 作者:李兆龙 ; 乔燕春 ; 林锦英 ; 李光光 关键词:分子标记 ; 节瓜 ; 抗枯萎病 机构:广州市农业科学研究院 ; 广州市农业科学研究院 年份:2015
    摘要:本研究利用人工接种及BSA法验证甜瓜抗枯萎病基因Fom-2的连锁分子标记SSR430和STS296应用于节瓜抗枯萎病鉴定的通用性。结果表明:(1)在12份抗病材料和27份感病材料的分子鉴定中,抗病材料均能找到SSR430标记,与高抗母本B-4带型一致,感病材料均无标记,准确率为100.00%,能用于节瓜抗枯萎病分子标记辅助育种;(2)利用STS296进行分子标记鉴定,只有B-4和3个抗性子代含有STS296标记,所有感病材料均不含此标记,表明STS296有可能可作为节瓜枯萎病的抗性标记。
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